ПЦР цифровая

В клетке могут встречаться редкие мутации, например лишь в одной из нескольких сотен клеточных митохондриальных ДНК. В общей смеси при обычном ПЦР при таком сильном разведении эти мутации невозможно обнаружить. Похожая картина нередко наблюдается в отношении минорных опухолевых мутациях. Цифровой капельный ПЦР (Droplet Digital PCR) – усовершенствованный метод полимеразной цепной реакции (ПЦР), при котором реакционная смесь после добавления ДНК распыляется на множество мельчайших капель, попадающих на лунки чипа. Чип может содержать несколько десятков тысяч ячеек, на которых в каплях протекает ПЦР. При этом возможна визуализация результата реакции с каждой ячейки. По завершению реакции данный чип может быть использован для проведения секвенирования или клонирования с каждой капли.

Система QX200 Droplet Digital PCR предназначена для проведения цифровой капельной ПЦР третьего поколения, позволяющей добиться высочайшей точности и достоверности результатов. QX200 обеспечивает абсолютную количественную оценку ДНК- и РНК-мишеней как с помощью зондов так и с помощью интеркалирующего красителя EvaGreen, исключая использования калибровочных кривых .

Система включает в себя QX200 Droplet Generator (генератор микродисперсионных капель из кДНК или РНК-содержащих образцов) и QX200 Droplet Reader (позволяет осуществлять сверхчувствительный и точный автоматический анализ продуктов амплификации).

Преимущества цифрового капельного ПЦР по сравнению с RТ ПЦР:

• гибкость системы и оптимизация ее для EvaGreen и TaqMan зондов любых производителей;
• сверхчувствительность и сверхточность количественного анализа продуктов амплификации гена-мишени в каждой капле образца;
• фракционирование образцов на нанокапли сводит к минимуму влияние на результат исследований таких параметров как наличие ингибиторов ПЦР и эффективности;
• протекания амплификации за счет абсолютного подсчета гена-мишени в каждой капле;
• отсутствие необходимости использования калибровочных кривых;
• прямое обнаружение редкого варианта гена-мишени в сложном окружении.

Применения системы цифровой ПЦР QX200 Droplet Digital PCR:

• Количественная оценка биомаркеров рака. Мутациям, ассоциированным с онкологией, часто удаётся избежать детектирования из-за их низкой концентрации по сравнению с фоновой ДНК дикого типа в том же образце. За счёт высокой чувствительности система QX200 позволяет детектировать и количественно оценивать мутации в концентрациях от 0,0001% (!) - одна на сто тысяч.


• Обнаружение и оценка возбудителей заболеваний. Точная количественная оценка вирусной нагрузки крайне важна для определения состояния заболевания, разработки, утверждения и оценки эффективности терапии. QX200 обладает чувствительностью достаточной для обнаружения сверхмалых количеств вирусного генетического материала и в том числе и в сложных смесях


• Определение количества копий гена (CNV). Вариации числа копий гена (CNV) является значимым источником полиморфизма в геноме человека. CNV ассоциируется с раком, неврологическими и аутоиммунными заболеваниями, а также с побочными эффектами при воздействии лекарственных средств. QX200 позволяет определить CNV с точностью соотношения 1.2х (!), например, пять против шести.


• Валидация и количественная оценка библиотек NGS. С помощью технологии цифровой ПЦР можно качественно и количественно оценить библиотеку, что позволяет наиболее эффективно использовать секвенаторы.


• Анализ экспрессии генов. Капельная цифровая ПЦР позволяет количественно определить уровень экспрессии гена. Благодаря высокой точности и чувствительности метода возможна оценка минимального 10% (!) изменения экспрессии, в том числе и при низких концентрациях.


• Тестирование продуктов на наличие ГМО. С точностью до тысячных долей процента позволяет оценить количество генетически модифицированных ингредиентов в продуктах питания, сырье кормах.

Скачать список публикаций с использованием технологии капельной ПЦР

Скачать листовку о системе QX200 Droplet Digital PCR и её применении

QX100 и ПО ddPCR

Система QuantStudio 3D предназначена для проведения цифровой ПЦР (цПЦР) с целью количественного определения нуклеиновых кислот с максимальной точностью и достоверностью. Принцип цПЦР состоит в том, что реакционная смесь после добавления ДНК делится на множество микрообъемов, в каждом из которых проходит амплификация целевого участка ДНК. В системе QuantStudio 3D амплификация ДНК и оценка продуктов ПЦР проводятся в нанофлюидном чипе с 20 000 ячейками, каждая из которых представляет собой независимый объем со своей реакционной смесью. Некоторая часть этих реакций содержит целевую молекулу (положительный результат), в то время как другие не содержат (отрицательный результат). Соотношение количества положительных и отрицательных ПЦР используются для подсчета общего количества молекул образца.

Области применения системы QuantStudio 3D:

• обнаружение редких мутаций в онкологии;
• обнаружение редких патогенов, оценка вирусной нагрузки;
• создание стандартов и референтных образцов;
• мониторинг семян и продуктов на наличие ГМО контаминации;
• исследование копийности генов;
• анализ библиотек для NGS;
• подтверждение результатов NGS.

Принцип цифровой ПЦР:

Этапы проведения цифрового ПЦР с системой QuantStudio 3D:

Управление: компьютер или облако

График подсчета патогенов в воде с помощью цифрового ПЦР системы QuantStudio 3D:

Технические характеристики:

• сенсорный экран с интуитивным ПО;
• не требует использования компьютера, полученные данные можно отправлять в облако или хранить на Flash-накопителе (USB-вход);
• автоматическая загрузка результатов для анализа в облаке;
• хранение до 100 сканов во внутренней памяти;
• для проведения анализа нет необходимости использования молекулярных стандартов и референсов;
• подходит, когда необходимы чувствительность, специфичность и/или точность, недостижимые посредством реал-тайм ПЦР;
• исходный объем образца, мкл — 20;
• объем лунки чипа, нл — 0,8;
• размер чипа, точек на образец ̶ 20 000;
• время прочтения 1 чипа — 30 сек;
• детектирование образца — оптическая система LED, обеспечивает продолжительность работы оптической системы до 60 000 часов;
• детектируемые красители — FAM/SYBR Green, VIC, ROX;
• габариты, Ш × Г × В, мм — 210 × 232 × 135;
• вес, кг — 2,4.

Комплектация прибора:

• прибор для проведения цифровой ПЦР QuantStudio 3D;
• амплификатор ProFlex;
• загрузчик чипов QuantStudio 3D;
• адаптер чипа для амплификатора;
• набор чипов (96 шт.);
• 1 × 1,5 мл мастер-микс для цПЦР (хранить при температуре 2-8 °C);
• базовые подступенки ProFlex Tilt;
• стартовый набор для использования во время обучения цПЦР (включая ДНК чипы и мастер-микс для ПЦР) (хранить при температуре 2-8 °C);
• расширенное гарантийное обслуживание (2 года);
• 1 день обучения на площадке заказчика.

Система цифровой ПЦР D600 Digital PCR Analysis System — это прибор-моноблок, выполняющий в автоматическом режиме все стадии цифровой ПЦР — генерацию капель (микрореакторов) из реакционной смеси и нанесение их на реакционный планшет, термоциклирование, детекцию флуоресценции и анализ данных.

Принцип работы D600 основан на оригинальной технологии подготовки реакционной смеси OsciDrop (генерация капель путем вибрации и распределение их по поверхности специального реакционного планшета). Конфигурация реакционного планшета системы такова, что пользователь может сам задавать какое количество образцов (и соответствующее ему количество микрореакций на образец) он хочет исследовать. Возможны следующие варианты: до 96 образцов — 5000 микрореакций, до 48 образцов — 10 000 микрореакций и до 24 образцов — 20 000 микрореакций.

Система D600 с 2 каналами флуоресценции (FAM, HEX) позволяет проводить все типы анализов без дополнительных затрат.

Рабочий процесс системы D600 содержит только один этап ручной работы, а именно приготовление реакционной смеси. Все дальнейшие операции (от генерации микрокапель до анализа данных) проходят на борту прибора в автоматическом режиме. Рабочий цикл с полной загрузкой занимает по времени 2,5-3 часа.

Области применения системы D600 Digital PCR Analysis System

• Обнаружение редких мутаций в онкологии;
• обнаружение редких патогенов, оценка вирусной нагрузки;
• мониторинг патогенов в окружающей среде;
• исследование единичных клеток;
• создание стандартов и референсных образцов;
• мониторинг семян и продуктов на наличие ГМО контаминации;
• детекция остаточной ДНК клетки-хозяина;
• исследование копийности генов, анеуплоидии, НИПТ;
• проверка результатов геномного редактирования;
• анализ экспрессии генов;
• подтверждение результатов NGS.

Технические характеристики системы D600 Digital PCR Analysis System

D600 Digital PCR Analysis System имеет следующие параметры:

• источник света — светодиод;
• детекция образцов — CMOS-камера;
• температурный диапазон, °С — 30-100;
• точность поддержания температуры, °С — ±0,2;
• кол-во образцов за запуск — 1-96;
• объем реакционной смеси, мкл — 10-25;
• количество микрореакций на образец — 5000-20000;
• объем микрореакции, нл — 1;
• минимальная чувствительность, копий — 1;
• линейный динамический диапазон, порядки — 5;
• точность, % — ±10;
• количество каналов детекции флуоресценции — 2 (FAM/VIC(HEX)/ROX/CY5);
• габариты, Ш×Г×В, мм — 660×680×605;
• вес, кг — 88.

Система цифровой ПЦР D600 Digital PCR Analysis System (аналог системы QX 200 Bio-Rad)— это прибор-моноблок, выполняющий в автоматическом режиме все стадии цифровой ПЦР — генерацию капель (микрореакторов) из реакционной смеси и нанесение их на реакционный планшет, термоциклирование, детекцию флуоресценции и анализ данных.

Принцип работы D600 основан на оригинальной технологии подготовки реакционной смеси OsciDrop (генерация капель путем вибрации и распределение их по поверхности специального реакционного планшета). Конфигурация реакционного планшета системы такова, что пользователь может сам задавать какое количество образцов (и соответствующее ему количество микрореакций на образец) он хочет исследовать. Возможны следующие варианты: до 96 образцов — 5000 микрореакций, до 48 образцов — 10 000 микрореакций и до 24 образцов — 20 000 микрореакций.

Базовой моделью является D600 с 4 каналами флуоресценции (FAM, VIC, ROX, CY5), но также доступны системы с двумя, пятью и шестью флуоресцентными каналами, которые пользователь может выбрать в дополнение к базовым.

Рабочий процесс системы D600 содержит только один этап ручной работы, а именно приготовление реакционной смеси. Все дальнейшие операции (от генерации микрокапель до анализа данных) проходят на борту прибора в автоматическом режиме. Рабочий цикл с полной загрузкой занимает по времени 2,5-3 часа.

Области применения системы D600 Digital PCR Analysis System

• Обнаружение редких мутаций в онкологии;
• обнаружение редких патогенов, оценка вирусной нагрузки;
• мониторинг патогенов в окружающей среде;
• исследование единичных клеток;
• создание стандартов и референсных образцов;
• мониторинг семян и продуктов на наличие ГМО контаминации;
• исследование копийности генов, анеуплоидии, НИПТ;
• проверка результатов геномного редактирования;
• анализ экспрессии генов;
• подтверждение результатов NGS.

Технические характеристики системы D600 Digital PCR Analysis System

D600 Digital PCR Analysis System имеет следующие параметры:

• источник света — светодиод;
• детекция образцов — CMOS-камера;
• температурный диапазон, ℃ — 30-100;
• точность поддержания температуры, ℃ — ±0,2;
• кол-во образцов за запуск — 1-96;
• объем реакционной смеси, мкл — 10-25;
• количество микрореакций на образец — 5000-20000;
• объем микрореакции, нл — 1;
• минимальная чувствительность, копий — 1;
• линейный динамический диапазон, порядки — 5;
• точность, % — ±10;
• количество каналов детекции флуоресценции — 4 (FAM/VIC(HEX)/ROX/CY5);
• габариты, Ш×Г×В, мм — 660×680×605;
• вес, кг — 88.

Система цифровой ПЦР D600 Digital PCR Analysis System — это прибор-моноблок, выполняющий в автоматическом режиме все стадии цифровой ПЦР — генерацию капель (микрореакторов) из реакционной смеси и нанесение их на реакционный планшет, термоциклирование, детекцию флуоресценции и анализ данных.

Принцип работы D600 основан на оригинальной технологии подготовки реакционной смеси OsciDrop (генерация капель путем вибрации и распределение их по поверхности специального реакционного планшета). Конфигурация реакционного планшета системы такова, что пользователь может сам задавать какое количество образцов (и соответствующее ему количество микрореакций на образец) он хочет исследовать. Возможны следующие варианты: до 96 образцов — 5000 микрореакций, до 48 образцов — 10 000 микрореакций и до 24 образцов — 20 000 микрореакций.

Система D600 с 5 каналами флуоресценции (FAM, VIC/HEX, ROX, CY5, CY5.5) позволяет расширить возможности мультиплексирования.

Рабочий процесс системы D600 содержит только один этап ручной работы, а именно приготовление реакционной смеси. Все дальнейшие операции (от генерации микрокапель до анализа данных) проходят на борту прибора в автоматическом режиме. Рабочий цикл с полной загрузкой занимает по времени 2,5-3 часа.

Области применения системы D600 Digital PCR Analysis System

• Обнаружение редких мутаций в онкологии;
• обнаружение редких патогенов, оценка вирусной нагрузки;
• мониторинг патогенов в окружающей среде;
• исследование единичных клеток;
• создание стандартов и референсных образцов;
• мониторинг семян и продуктов на наличие ГМО контаминации;
• детекция остаточной ДНК клетки-хозяина;
  
• исследование копийности генов, анеуплоидии, НИПТ;
• проверка результатов геномного редактирования;
• анализ экспрессии генов;
• подтверждение результатов NGS.

Технические характеристики системы D600 Digital PCR Analysis System

D600 Digital PCR Analysis System имеет следующие параметры:

• источник света — светодиод;
• детекция образцов — CMOS-камера;
• температурный диапазон, °С — 30-100;
• точность поддержания температуры, °С — ±0,2;
• кол-во образцов за запуск — 1-96;
• объем реакционной смеси, мкл — 10-25;
• количество микрореакций на образец — 5000-20000;
• объем микрореакции, нл — 1;
• минимальная чувствительность, копий — 1;
• линейный динамический диапазон, порядки — 5;
• точность, % — ±10;
• количество каналов детекции флуоресценции — 5 (FAM/VIC(HEX)/ROX/CY5);
• габариты, Ш×Г×В, мм — 660×680×605;
• вес, кг — 88.

Система цифровой ПЦР D600 Digital PCR Analysis System — это прибор-моноблок, выполняющий в автоматическом режиме все стадии цифровой ПЦР — генерацию капель (микрореакторов) из реакционной смеси и нанесение их на реакционный планшет, термоциклирование, детекцию флуоресценции и анализ данных.

Принцип работы D600 основан на оригинальной технологии подготовки реакционной смеси OsciDrop (генерация капель путем вибрации и распределение их по поверхности специального реакционного планшета). Конфигурация реакционного планшета системы такова, что пользователь может сам задавать какое количество образцов (и соответствующее ему количество микрореакций на образец) он хочет исследовать. Возможны следующие варианты: до 96 образцов — 5000 микрореакций, до 48 образцов — 10 000 микрореакций и до 24 образцов — 20 000 микрореакций.

Система D600 с 6 каналами флуоресценции (FAM, VIC, ROX, CY5, CY5.5, CY3) является самой производительной на российском рынке.

Рабочий процесс системы D600 содержит только один этап ручной работы, а именно приготовление реакционной смеси. Все дальнейшие операции (от генерации микрокапель до анализа данных) проходят на борту прибора в автоматическом режиме. Рабочий цикл с полной загрузкой занимает по времени 2,5-3 часа.

Области применения системы D600 Digital PCR Analysis System

• Обнаружение редких мутаций в онкологии;
• обнаружение редких патогенов, оценка вирусной нагрузки;
• мониторинг патогенов в окружающей среде;
• исследование единичных клеток;
• создание стандартов и референсных образцов;
• мониторинг семян и продуктов на наличие ГМО контаминации;
• детекция остаточной ДНК клетки-хозяина;
  
• исследование копийности генов, анеуплоидии, НИПТ;
• проверка результатов геномного редактирования;
• анализ экспрессии генов;
• подтверждение результатов NGS.

Технические характеристики системы D600 Digital PCR Analysis System

D600 Digital PCR Analysis System имеет следующие параметры:

• источник света — светодиод;
• детекция образцов — CMOS-камера;
• температурный диапазон, °С — 30-100;
• точность поддержания температуры, °С — ±0,2;
• кол-во образцов за запуск — 1-96;
• объем реакционной смеси, мкл — 10-25;
• количество микрореакций на образец — 5000-20000;
• объем микрореакции, нл — 1;
• минимальная чувствительность, копий — 1;
• линейный динамический диапазон, порядки — 5;
• точность, % — ±10;
• количество каналов детекции флуоресценции — 6 (FAM/VIC(HEX)/ROX/CY5);
• габариты, Ш×Г×В, мм — 660×680×605;
• вес, кг — 88.