Видео. Обзор рабочего процесса цифровой ПЦР с использованием системы QuantStudio 3D, Thermo FS, англ., 2016 г.

Система QuantStudio 3D предназначена для проведения цифровой ПЦР (цПЦР) с целью количественного определения нуклеиновых кислот с максимальной точностью и достоверностью. Принцип цПЦР состоит в том, что реакционная смесь после добавления ДНК делится на множество микрообъемов, в каждом из которых проходит амплификация целевого участка ДНК. В системе QuantStudio 3D амплификация ДНК и оценка продуктов ПЦР проводятся в нанофлюидном чипе с 20 000 ячейками, каждая из которых представляет собой независимый объем со своей реакционной смесью. Некоторая часть этих реакций содержит целевую молекулу (положительный результат), в то время как другие не содержат (отрицательный результат). Соотношение количества положительных и отрицательных ПЦР используются для подсчета общего количества молекул образца.

Области применения системы QuantStudio 3D:

• обнаружение редких мутаций в онкологии;
• обнаружение редких патогенов, оценка вирусной нагрузки;
• создание стандартов и референтных образцов;
• мониторинг семян и продуктов на наличие ГМО контаминации;
• исследование копийности генов;
• анализ библиотек для NGS;
• подтверждение результатов NGS.

Принцип цифровой ПЦР:

Этапы проведения цифрового ПЦР с системой QuantStudio 3D:

Управление: компьютер или облако

График подсчета патогенов в воде с помощью цифрового ПЦР системы QuantStudio 3D:

Технические характеристики:

• сенсорный экран с интуитивным ПО;
• не требует использования компьютера, полученные данные можно отправлять в облако или хранить на Flash-накопителе (USB-вход);
• автоматическая загрузка результатов для анализа в облаке;
• хранение до 100 сканов во внутренней памяти;
• для проведения анализа нет необходимости использования молекулярных стандартов и референсов;
• подходит, когда необходимы чувствительность, специфичность и/или точность, недостижимые посредством реал-тайм ПЦР;
• исходный объем образца, мкл — 20;
• объем лунки чипа, нл — 0,8;
• размер чипа, точек на образец ̶ 20 000;
• время прочтения 1 чипа — 30 сек;
• детектирование образца — оптическая система LED, обеспечивает продолжительность работы оптической системы до 60 000 часов;
• детектируемые красители — FAM/SYBR Green, VIC, ROX;
• габариты, Ш × Г × В, мм — 210 × 232 × 135;
• вес, кг — 2,4.

Комплектация прибора:

• прибор для проведения цифровой ПЦР QuantStudio 3D;
• амплификатор ProFlex;
• загрузчик чипов QuantStudio 3D;
• адаптер чипа для амплификатора;
• набор чипов (96 шт.);
• 1 × 1,5 мл мастер-микс для цПЦР (хранить при температуре 2-8 °C);
• базовые подступенки ProFlex Tilt;
• стартовый набор для использования во время обучения цПЦР (включая ДНК чипы и мастер-микс для ПЦР) (хранить при температуре 2-8 °C);
• расширенное гарантийное обслуживание (2 года);
• 1 день обучения на площадке заказчика.