Пиросеквенаторы | Диаэм


Пиросеквенаторы

Пиросеквенатор — прибор определяющий первичную последовательность ДНК методом пиросеквенирования. Пиросеквенирование — метод «секвенирования синтезом новой цепи» основанный на регистрации акта присоединения нуклеотида по образующемуся пирофосфату. Последовательность подачи в реакционную смесь реагентов, которые дают хемилюминесцентный сигнал, позволяет определить последовательность анализируемого участка ДНК.
Фильтр
Все производители
Способ пробоподготовки
Максимальная производительность
От
До
Пока нет данных. Перейти в каталог
Фильтр
Сортировать:
Цена в валюте производителя / в рублях
9002471
По запросу
По запросу
PyroMark Q48 Autoprep — первый секвенатор, который полностью автоматизирует подготовку проб и проведение анализа: иммобилизация ампликонов на стрептавидиновых магнитных частицах, получение одноцепочечной ДНК, отжиг секвенирующего праймера и пиросеквенирование.

В сочетании со встроенной автоматизацией, готовый результат анализа 48 образцов может быть получен уже через 1 час после запуска. Встроенное программное обеспечение выдаст результат в виде прочитанной последовательности нуклеотидов ДНК или обнаруженного генотипа сразу после окончания работы прибора.


Применение:

  • секвенирование de novo коротких фрагментов ДНК (180 п.о.);
  • ресеквенирование любого участка генома человека, модельных объектов, микроорганизмов или вирусов;
  • количественный анализ частот аллельной встречаемости;
  • мутационный анализ: идентификация точечных однонуклеотидных замен (SNP), вставок и делеций;
  • количественный анализ метилирования ДНК (может быть совмещен с SNP типированием);
  • верификация и валидация результатов полногеномного анализа.

Технические характеристики:

  • производительность — от 1 до 48 образцов;
  • пробоподготовка — автоматизированная на самом приборе;
  • сенсорный дисплей управления;
  • размеры, Ш × Г × В, см — 25 × 30 × 30;
  • вес, кг — 8,5.
  • Пиросеквенаторы
  • Пиросеквенаторы
  • Пиросеквенаторы
  • Пиросеквенаторы
9001525
По запросу
По запросу
Более высокопроизводительная (по сравнению с PyroMark Q24) система для пиросеквенирования.

Применение: детектирование генетических полиморфизмов; мониторинг и выявление соматических мутаций при развитии онкологических заболеваний; эпигенетические исследования (анализ статуса метилирования); обнаружение однонуклеотидных замен (SNP), вставок и делеций, исследование и анализ редких мутаций; количественный анализ частот аллельной встречаемости. Пробоподготовка частично автоматизируется путем использования станции вакуумной пробоподготовки PyroMark Q96 Vacuum Workstation.


Технические характеристики:

  • производительность — от 1 до 96 образцов;
  • пробоподготовка — ручная, при помощи вакуумной станции;
  • размеры, Ш × Г × В, см — 49 × 54 × 62;
  • вес, кг — 52.
  • Пиросеквенаторы
Пиросеквенатор — прибор определяющий первичную последовательность ДНК методом пиросеквенирования. Пиросеквенирование — метод «секвенирования синтезом новой цепи» основанный на регистрации акта присоединения нуклеотида по образующемуся пирофосфату. Последовательность подачи в реакционную смесь реагентов, которые дают хемилюминесцентный сигнал, позволяет определить последовательность анализируемого участка ДНК.
Пробоподготовка и принцип процесса пиросеквенирования

Стадия 1 (пробоподготовка)

Амплификация целевого фрагмента ДНК и биотинилирование цепи, которая послужит матрицей для пиросеквенирования. Инкубация ампликона с частицами сефарозы, покрытыми стрептавидином. Денатурация и отмывка биотинилированного одноцепочечного ампликона, его изоляция и гибридизация с праймером для секвенирования в области анализируемого локуса.

Стадия 2

Инкубация праймера и одноцепочечной матрицы в присутствии ДНК-полимеразы, АТФ-сульфурилазы, люциферазы, апиразы, и субстратов: аденозин - 5’- фосфосульфата (APS) и люциферина.

Стадия 3

Добавление первого дезоксирибонуклеотидтрифосфата (dNTP) в реакцию. ДНК–полимераза катализирует добавление dNTP к праймеру для секвенирования, если он комплементарен к последовательности матрицы ДНК. Каждое присоединение к цепи сопровождается выделением пирофосфата (PPi) в количестве, эквимолярном количеству встроившихся нуклеотидов.

Стадия 4

АТФ-сульфурилаза превращает пирофосфат в АТФ в присутствии аденозин-5’-фосфосульфата. Образовавшаяся АТФ запускает люциферазо-опосредованную реакцию окисления люциферина в оксилюциферин, в результате чего происходит образование видимого света в количестве, пропорциональном количеству АТФ. Свет детектируется CCD-камерой и отображается на пирограмме в виде пиков. Высота пиков пропорциональна количеству нуклеотидов, встроившихся в матрицу.

Стадия 5

В течение всей реакции фермент апираза деградирует невстроившиеся нуклеотиды и избыток АТФ. После завершения деградации нуклеотидов, не встроившихся в цепь ДНК, добавляется новый нуклеотид. В течение реакции комплементарная цепь ДНК достраивается, и последовательность нуклеотидов определяется согласно пикам на пирограмме.

Пиросеквенаторы

Схема процесса пиросеквенирования

Достоинства метода: высокая скорость анализа (15-30 минут); сочетание секвенирования и количественного анализа (G-C соотношение); количественная оценка аллелей, в том числе редко встречаемых; обнаружение неизвестных вариаций нуклеотидных последовательностей; возможность разностороннего исследования образцов при единичном запуске прибора; встроенные контроли исследования, гарантирующие точность и достоверность результатов.

Недостатки метода: трудности с детекцией гомополимерных участков большой протяженности; небольшая длина секвенируемых фрагментов (до 200 п.н.).

Области применения пиросеквенирования:

  • генетическая паспортизация и выявление генетических полиморфизмов, ассоциированных с развитием мультифакториальных заболеваний; генетический анализ транслокаций, инсерций, делеций, SNPs; верификация и валидация результатов полногеномного анализа;

  • онкология (выявление активирующих соматических мутаций в генах EGFR, RAS, BRAF, PI3K и др.; анализ метилирования генов-супрессоров опухолевого роста: MGMT, MLH1, p16 и др.; поиск новых генетических маркеров злокачественных новообразований);

  • микробиология и генная инженерия (генотипирование штаммов; ресеквенирование генов: обнаружение новых генетических вариантов, островков патогенности, вирулентности и т.д.; идентификация мутаций, обуславливающих устойчивость вирусов к антиретровирусной терапии; идентификация мутаций, обуславливающих устойчивость бактерий и грибов к антибиотикам; проверка результатов клонирования: секвенирование ПЦР-ампликонов, плазмид, ДНК-кассет; разработка уникальных ПЦР тест-систем).

Критерии выбора пиросеквенатора:

  • производительность (от 24 до 96 образцов за запуск);
  • ручная или полностью автоматизированная пробоподготовка;
  • максимальная длина прочтений (учитывается в зависимости от применения).
Ваш заказ будет обработан
в ближайшее время.
Мы пришлем уведомление, как только все будет готово. Спасибо!