Qsep1-Plus – это улучшенная версия 1-капиллярной системы для лабораторий с небольшим потоком образцов. Основное отличие от предыдущих моделей заключается в том, что прибор стал совместим с тремя различными по производительности адаптерами для пробирок (на 4, 8 или 15 образцов). Модель также совместима со всеми основными типами картриджей для электрофореза.

Демонстрация прибора

Прибор имеется на складе, есть возможность запросить демонстрацию на рабочем месте заказчика. Форма заказа доступна по кнопке «Заказать демо».

Принцип работы системы капиллярного электрофореза Qsep1-Plus

Электрофорез происходит в картридже, внутри которого находится капилляр, заполненный гелем с флуорофором для детекции биомолекул. Процесс разделения фрагментов отражается в реальном времени. Анализ результатов производится с помощью ПО Q-Analyzer.

• Автоматическая подача образцов — от 1 до 15;
• несколько типов картриджей для разных молекул (фрагментированная ДНК, геномная ДНК, РНК, белки), рассчитанных на анализ 100-200 образцов;
• время анализа одного образца — от 2 до 7 минут;
• разрешение — 1-4 нуклеотида (в диапазоне длин от 100 до 500 нуклеотидов);
• чувствительность — от 5 пг/мкл (или 1 пг/мкл, если растворить в дд H₂O);
• объём образца — 1, 10 или 20 мкл, из которых в капилляр вводится 1 пл;
• визуализация, количественный и качественный фрагментный анализ с помощью ПО.

Технические характеристики системы Qsep1-Plus

Прибор совместим с тремя различными по производительности адаптерами для пробирок: до 4, до 8, до 15 образцов.

• Связь с ПК — USB и Wi-Fi;
• источник возбуждения флуоресценции – светодиодный, 525 нм (зелёный);
• детекция флуоресценции, нм – 590;
• количество капилляров в картридже — 1;
• ток разделения, кВ — 1-8;
• габариты, Г × В × Ш, см — 24 х 21 х 30.

Области применения Qsep1-Plus

• Скрининг ПЦР-продуктов;
• генотипирование;
• количественный и качественный анализ библиотек для NGS и нанопорового секвенирования;
• анализ фрагментированности геномной ДНК;
• анализ внеклеточной ДНК;
• анализ продуктов рестриктазного расщепления;
• анализ олигонуклеотидов;
• оценка целостности РНК (RNA Quality Number);
• электрофорез белков (необходимо мечение Chromeo-P503).

Комплект поставки: прибор для капиллярного фореза Qsep1-Plus: ПО Q-Analyzer Basic, воздушный насос Qairbox, набор 1-канальных картриджей S1 и S2, выравнивающий маркер 20-1000, выравнивающий маркер 20-5000, маркер длин 15-622, маркер длин 50-3000, центрифуга, набор адаптеров, набор пробирок 16+3-well Sample Tube.

Картриджи для капиллярного электрофореза Qsep1- Plus

Cистема капиллярного электрофореза Qsep — это автоматическая платформа, предназначенная для быстрого фрагментного анализа нуклеиновых кислот. Все этапы электрофореза — заливка геля, нанесение образцов, разделение фрагментов, визуализация и анализ результатов, делаются в одном приборе в одну стадию.

Система Qsep₁-Lite предназначена для пользователей начального уровня. После установки картриджа в прибор, система автоматически распознает и предлагает необходимый метод анализа. Это позволяет исключить лишние этапы настройки. Один картридж — один метод.

Принцип работы системы Qsep₁-Lite

Электрофорез происходит в картридже, внутри которого находится капилляр, заполненный гелем с флуорофором для детекции биомолекул. Процесс разделения фрагментов отражается в реальном времени. Анализ результатов производится с помощью ПО Q-Analyzer.

• Автоматическая подача образцов — от 1 до 8;
• несколько типов картриджей для разных молекул (фрагментированная ДНК, геномная ДНК, РНК), рассчитанных на анализ 100-300 образцов;
• время анализа одного образца — от 2 до 7 минут;
• разрешение — 2-4 нуклеотида (в диапазоне длин до 500 нуклеотидов);
• чувствительность — от 20 пг/мкл;
• объём образца — 10 или 20 мкл, из которых в капилляр вводится 1 пл;
• визуализация, количественный и качественный фрагментный анализ с помощью ПО.

Технические характеристики системы Qsep₁-Lite:

• связь с ПК — USB и Wi-Fi;
• источник возбуждения флуоресценции: светодиодный, 525 нм (зелёный);
• детекция флуоресценции: 590 нм;
• количество капилляров в картридже — 1;
• ток разделения — 1-8 кВ;
• габариты, Г × В × Ш, см, — 24 х 21 х 30.

Области применения Qsep₁-Lite:

• скрининг ПЦР-продуктов;
• генотипирование;
• анализ фрагментированности геномной ДНК;
• анализ продуктов рестриктазного расщепления;
• анализ общей РНК.

Комплект поставки:

• прибор для капиллярного фореза Qsep₁-Lite;
• ключ с ПО Q-Analyzer и инструкцией;
• воздушный насос Qairbox;
• набор картриджей L1 и L2.

Картриджи для капиллярного электрофореза Qsep1- Lite

Система капиллярного электрофореза Qsep — это автоматическая платформа для быстрого фрагментного анализа нуклеиновых кислот. Все этапы электрофореза — заливка геля, нанесение образцов, разделение фрагментов, визуализация и анализ результатов, делаются в одном приборе в одну стадию.

Принцип работы: электрофорез происходит в картридже, внутри которого находится капилляр, заполненный гелем с флуорофором для детекции биомолекул. Процесс разделения фрагментов отражается в реальном времени. Анализ результатов производится с помощью ПО Q-Analyzer.

• Автоматическая подача образцов (от 1 до 96);
• несколько типов картриджей для разных молекул (фрагментированная ДНК, геномная ДНК, РНК, белки), рассчитанных на анализ 100-300 образцов;
• время анализа одного образца, размером до 1 кб — от 2 до 7 минут;
• разрешение — 1-4 нуклеотида (в диапазоне длин от 100 до 500 нуклеотидов);
• чувствительность — от 5 пг/мкл;
• объём образца — 1 или 20 мкл, из которых в капилляр вводится 1 пл;
• визуализация, количественный и качественный фрагментный анализ с помощью ПО.

• Связь с ПК — USB;
• источник возбуждения флуоресценции — светодиодный, 525 нм (зелёный);
• детекция флуоресценции, нм — 590;
• количество капилляров в картридже: 1;
• ток разделения, кВ — 1-15;
• габариты, Г × В × Ш, см — 38 х 40 х 30.

• Скрининг ПЦР-продуктов;
• генотипирование;
• количественный и качественный анализ библиотек для NGS и нанопорового секвенирования;
• анализ фрагментированности геномной ДНК;
• анализ внеклеточной ДНК;
• анализ продуктов рестриктазного расщепления;
• анализ олигонуклеотидов;
• оценка целостности РНК (RNA Quality Number);
• электрофорез белков (необходимо мечение Chromeo-P503).

Комплект поставки: Qsep100: ПО Q-Analyzer Basic, воздушный насос Qairbox, набор 1-канальных картриджей S1 и S2, выравнивающий маркер 20-1000, выравнивающий маркер 20-5000, маркер длин 15-622, маркер длин 50-3000.

Картриджи для системы капиллярного электрофореза Qsep100

Электрофорез в Qsep происходит в картриджах разных типов для разделения ДНК, РНК и белков. Картридж рассчитан на анализ 100-1200 образцов (100-300 форезов). В комплект поставки входят все необходимые расходные материалы для электрофореза — буфер для разделения, буфер для разведения образцов, пробирки в стрипах, ванночки и пипетки для буфера, выравнивающий маркер.

Особенности системы Qsep100 Advanced

• Автоматическая подача образцов (от 1 до 96);
• несколько типов картриджей для разных молекул (фрагментированная ДНК, геномная ДНК, РНК, белки), рассчитанных на анализ 100-300 образцов;
• время анализа одного образца, размером до 1 кб — от 2 до 7 минут;
• разрешение — 1-4 нуклеотида (в диапазоне длин от 100 до 500 нуклеотидов);
• чувствительность — от 5 пг/мкл;
• объём образца — 1 или 20 мкл, из которых в капилляр вводится 1 пл;
• визуализация, количественный и качественный фрагментный анализ с помощью ПО.

Технические характеристики системы Qsep100

• Связь с ПК — USB;
• источник возбуждения флуоресценции — светодиодный, 525 нм (зелёный);
• детекция флуоресценции, нм — 590;
• количество капилляров в картридже — 1;
• ток разделения — 1-15 кВ;
• габариты, Г × В × Ш, см — 38 х 40 х 30.

Области применения Qsep

• Скрининг ПЦР-продуктов;
• генотипирование;
• количественный и качественный анализ библиотек для NGS и нанопорового секвенирования;
• анализ фрагментированности геномной ДНК;
• анализ внеклеточной ДНК;
• анализ олигонуклеотидов;
• анализ продуктов рестриктазного расщепления;
• оценка целостности РНК (RNA Quality Number);
• электрофорез белков (необходимо мечение FITC или Alexa 488).

Принцип работы: электрофорез происходит в картридже, внутри которого находится капилляр, заполненный гелем с флуорофором для детекции биомолекул. Процесс разделения фрагментов отражается в реальном времени. Анализ результатов производится с помощью ПО Q-Analyzer.

Комплект поставки: Qsep100; ПО Q-Analyzer Basic; воздушный насос Qairbox; набор 1-канальных картриджей S1 и S2; выравнивающий маркер 20-1000; выравнивающий маркер 20-5000; маркер длин 15-622; маркер длин 50-3000.

Картриджи для капиллярного электрофореза Qsep

Электрофорез в Qsep происходит в картриджах разных типов для разделения ДНК, РНК и белков. Картридж рассчитан на анализ 100-1200 образцов (100-300 форезов). В комплект поставки входят все необходимые расходные материалы для электрофореза — буфер для разделения, буфер для разведения образцов, пробирки в стрипах, ванночки и пипетки для буфера, выравнивающий маркер.

Система капиллярного электрофореза Qsep (аналог Система Bioanalyzer 2100) — это автоматическая платформа для быстрого фрагментного анализа нуклеиновых кислот. Все этапы электрофореза — заливка геля, нанесение образцов, разделение фрагментов, визуализация и анализ результатов, делаются в одном приборе в одну стадию.

Qsep1 — компактная 1-капиллярная система для лабораторий с небольшим потоком образцов.

Принцип работы: электрофорез происходит в картридже, внутри которого находится капилляр, заполненный гелем с флуорофором для детекции биомолекул. Процесс разделения фрагментов отражается в реальном времени. Анализ результатов производится с помощью ПО Q-Analyzer.

• Автоматическая подача образцов — от 1 до 8;
• несколько типов картриджей для разных молекул (фрагментированная ДНК, геномная ДНК, РНК, белки), рассчитанных на анализ 100-200 образцов;
• время анализа одного образца — от 2 до 7 минут;
• разрешение — 1-4 нуклеотида (в диапазоне длин от 100 до 500 нуклеотидов);
• чувствительность — от 5 пг/мкл (или 1 пг/мкл, если растворить в дд H₂O);
• объём образца — 1, 10 или 20 мкл, из которых в капилляр вводится 1 пл;
• визуализация, количественный и качественный фрагментный анализ с помощью ПО.

Технические характеристики системы Qsep1:

• связь с ПК — USB и Wi-Fi;
• источник возбуждения флуоресценции: светодиодный, 525 нм (зелёный);
• детекция флуоресценции: 590 нм;
• количество капилляров в картридже — 1;
• ток разделения — 1-8 кВ;
• габариты, Г × В × Ш, см, — 24 х 21 х 30.

• скрининг ПЦР-продуктов;
• генотипирование;
• количественный и качественный анализ библиотек для NGS и нанопорового секвенирования;
• анализ фрагментированности геномной ДНК;
• анализ внеклеточной ДНК;
• анализ продуктов рестриктазного расщепления;
• анализ олигонуклеотидов;
• оценка целостности РНК (RNA Quality Number);
• электрофорез белков (необходимо мечение Chromeo-P503).

Комплект поставки: прибор для капиллярного фореза Qsep1: ПО Q-Analyzer Basic, воздушный насос Qairbox, набор 1-канальных картриджей S1 и S2, выравнивающий маркер 20-1000, выравнивающий маркер 20-5000, маркер длин 15-622, маркер длин 50-3000.

Электрофорез в Qsep происходит в картриджах разных типов, предназначенных для разделения ДНК, РНК и белков. Картридж рассчитан на анализ 100-1200 образцов (100-300 форезов, зависит от типа прибора). В комплект поставки входят все необходимые расходные материалы для электрофореза — буфер для разделения, буфер для разведения образцов, пробирки в стрипах, ванночки и пипетки для буфера, выравнивающий маркер.

• автоматическая подача образцов (от 1 до 96);
• несколько типов картриджей для разных молекул (фрагментированная ДНК, геномная ДНК, РНК, белки), рассчитанных на анализ 400-1200 образцов;
• время анализа 4 образцов — от 2 до 7 минут;
• разрешение — 1-4 нуклеотида (в диапазоне длин от 100 до 500 нуклеотидов);
• чувствительность — от 100 пг/мкл;
• объём образца — 1 или 20 мкл, из которых в капилляр вводится 1 пл;
• визуализация, количественный и качественный фрагментный анализ с помощью ПО.

• габариты, Г × В × Ш, см: 54 х 40 х 36;
• питание: от сети 220 В через адаптер постоянного тока 24 В;
• связь с ПК: USB;
• источник возбуждения флуоресценции: светодиодный, 525 нм (зелёный);
• детекция флуоресценции: 590 нм;
• количество капилляров в картридже: 4;
• ток разделения: 1-15 кВ.

• скрининг ПЦР-продуктов;
• генотипирование;
• количественный и качественный анализ библиотек для NGS и нанопорового секвенирования;
• анализ фрагментированности геномной ДНК;
• анализ внеклеточной ДНК;
• анализ продуктов рестриктазного расщепления;
• анализ олигонуклеотидов;
• оценка целостности РНК (RNA Quality Number);
• электрофорез белков (необходимо мечение Chromeo-P503).

• одновременная продувка от 1 до 3 картриджей;
• максимальное давление, МПа — 0,5;
• габариты, Ш × Г × В, мм — 155 × 80 × 255;
• вес, кг — 3,5.

• идентифицировать видовую принадлежность бактерий;
• объединять несколько образцов в одну библиотеку

Объединение нескольких образцов, или мультиплексирование, возможно благодаря баркодированию разных ДНК. Это удобно в тех случаях, когда требуемый выход данных при секвенировании одного образца намного меньше максимального выхода, получаемого с одной проточной ячейки. В состав набора входит 12 бар-кодов, таким образом, в одну библиотеку можно загрузить до 12 образцов ДНК. Это позволяет снизить стоимость секвенирования одного образца почти в 10 раз.

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Пробоподготовка заключается в амплификации гена 16S со специфических праймеров (27F и 1492R), содержащих бар-коды. Затем к 5’-концам ампликонов лигируются сиквенсные адаптеры.

Анализ результатов секвенирования библиотеки, полученной с помощью 16S Barcoding Kit, проводится на платформе EPI2ME с помощью специального ПО, сортирующего риды в соответствии с баркодированием и идентифицирующего их видовую принадлежность.

В состав 16S Barcoding Kit также входит набор Flow Cell Priming Kit для загрузки библиотеки в поточную ячейку.

Условия хранения: - 20 °С.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:

• магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Thermo FS);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo FS R0581);
• мастер-микс для ПЦР LongAmp Taq 2X (New England Biolabs M0287);
• свежеприготовленный 70% этанол;
• буферный раствор Tрис-HCl 10 мМ рН 8.0 с 50 мМ NaCl.

Дополнительное оборудование:

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• магнитный штатив (Диаэм 3336);
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
• амплификатор;
• набор автоматических пипеток переменного объёма - от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• термоконтейнер со льдом;
• таймер (например, TR118OS).

Опционально:

• флуориметр Qubit (Thermo FS Q33227) или аналогичный;
• система для фрагментного анализа (например,Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).

Набор предназначен для микробного ампликонного баркодирования Microbial Amplicon Barcoding Kit 24 V1 — метод амплификации всего гена 16S рРНК или ITS из выделенной геномной ДНК с использованием специфических праймеров, с последующей подготовкой библиотеки для платформы Oxford Nanopore. Этот набор содержит обновленные праймеры, позволяющие проводить полногеномное секвенирование 16S рРНК для бактериального профилирования и ITS для профилирования грибов из различных типов образцов. Полученные ампликоны маркируются штрихкодами, содержащие 5'-метки, которые облегчают безлигазное присоединение адаптеров для быстрого секвенирования.

Особенности набора:

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Обратите внимание, что для использования этого набора вам потребуется приобрести дополнительные реагенты сторонних производителей: см. соответствующий протокол для получения более подробной информации.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:

• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Thermo FS);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo FS R0581);
• термолабильная протеиназа К (P8111);
• мастер-микс для ПЦР LongAmp Taq 2X (New England Biolabs M0287);
• свежеприготовленный 70% этанол;
• буферный раствор Трис-HCl 10 мМ рН 8.0 с 50 мМ NaCl.

Дополнительное оборудование:

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• магнитный штатив (Диаэм 3336);
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
• амплификатор;
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• термоконтейнер со льдом;
• таймер (например, TR118OS).

Опционально:

• флуориметр Qubit (Thermo FS Q33227) или аналогичный;
• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).

Хранение компонентов набора: ферменты и буферы набора Microbial Amplicon Barcoding Kit 24 V14 необходимо хранить при -20℃.

• получить максимальную производительность секвенирования;
• контролировать длину секвенируемых фрагментов.

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор оптимизирован для высокопроизводительного секвенирования. Для максимальной производительности рекомендуется получать библиотеку из 100-200 фмоль высокомолекулярной ДНК. Также важна степень чистоты ДНК, загрязнения существенно снижают производительность. Рекомендуется использовать наноспектрофотометр для оценки степени чистоты ДНК по следующим критериям:

• A260/A280 = 1,8;
• А260/А230 = 2 - 2,2.

• магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);
• набор для достройки концов ДНК NEBNext End repair / dA-tailing Module (New England Biolabs E7546);
• ДНК-лигаза NEBNext Quick Ligation Module (New England Biolabs E6056);
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581);
• свежеприготовленный 70% этанол.

• набор для репарации ДНК NEBNext FFPE Repair Mix (New England Biolabs M6630);
• пробирки для фрагментации ДНК Covaris g-TUBE.

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• магнитный штатив (Диаэм 3336);
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
• амплификатор (например, Thermo Fisher Scientific A37834);
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• термоконтейнер со льдом;
• таймер (например, TR118OS).

• флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227);
• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C);
• система для препаративного электрофореза BluePippin.

• идентифицировать полноразмерные транскрипты и анализировать их количество;
• исследовать дифференциальную экспрессию генов;
• характеризовать транскрипционные изоформы, варианты с альтернативным спласингом и фьюжн-транскрипты;
• секвенировать полноразмерные кДНК без артефактов, вносимых на стадии ПЦР.

• магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);
• набор для достройки концов ДНК NEBNext End repair / dA-tailing Module (New England Biolabs E7546);
• набор для лигирования NEB Blunt/TA Ligase Master Mix (New England Biolabs M0367);
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581);
• свежеприготовленный 70 % этанол;
• 10 мМ раствор dNTP (Thermo Fisher Scientific R0191);
• обратная транскриптаза Maxima H Minus (Thermo Fisher Scientific EP0751);
• ингибитор РНКаз RNAseOUT (Thermo Fisher Scientific 10777019);
• смесь РНКаз RNAse Cocktail Enzyme Mix (Thermo Fisher Scientific AM2286).

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• магнитный штатив (Диаэм 3336);
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
• амплификатор (например, Thermo Fisher Scientific A37834);
• набор автоматических пипеток переменного объёма - от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• термоконтейнер со льдом;
• таймер (например, TR118OS);
• охлаждающий штатив для пробирок на 0,2 мл (например, Eppendorf3881000031).

• флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227);
• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).
  

• работать с небольшим исходным количеством ДНК;
• контролировать длину секвенируемых фрагментов;
• оптимизировать эксперимент для максимальной производительности;
• проводить таргетное секвенирование.

Особенности набора:

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Пробоподготовка заключается в опциональной фрагментации ДНК с последующей достройкой концов до тупых и присоединением 3’-dA. К 3’-dA лигируются олигонуклеотиды, содержащие сайты связывания ПЦР-праймеров. ДНК амплифицируется, и к ампликонам присоединяются сиквенсные адаптеры.

Стадия ПЦР зависит от исходного количества ДНК и желаемой длины ампликонов. Рекомендуемый протокол ПЦР рассчитан на 100 нг исходной ДНК.

Длина рида составляет в среднем около 2 килобаз и зависит не столько от процессивности Taq-полимеразы, сколько от особенностей пробоподготовки. Но при этом максимальная длина рида выше, чем при использовании набора Rapid PCR Barcoding Kit и может достигать 10 килобаз.

Пользователь также может использовать метод ПЦР с 2 парами праймеров (nested PCR); при этом одна пара праймеров — пользовательские праймеры к определённой последовательности ДНК, а вторая — бар-кодированные праймеры из набора. 5’-концы пользовательских праймеров должны быть комплементарны 3’-концам бар-кодированных праймеров.

Набор позволяет работать с ДНК, содержащей примеси, которые снижают эффективность получения библиотеки. Это происходит благодаря стадии ПЦР. Но необходимо учитывать, что амплификация разных фрагментов может идти с разной эффективностью.

Если исходное количество ДНК менее 1 пг, рекомендуется полногеномная амплификация.

В состав PCR Sequencing Kit также входит набор Flow Cell Priming Kit для загрузки библиотеки в поточную ячейку.

Условия хранения: -20 °С.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:

• магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);
• набор для достройки концов ДНК NEBNext End repair / dA-tailing Module (New England Biolabs E7546);
• ДНК-лигаза NEB Blunt/TA Ligase Master Mix (New England Biolabs M0367);
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 30108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Thermo FS AB0620);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo FS R0581);
• мастер-микс для ПЦР LongAmp Taq 2X (New England Biolabs M0287);
• свежеприготовленный 70% этанол;
• буферный раствор Tрис-HCl 10 мМ рН 8.0 с 50 мМ NaCl.

Опционально:

• экзонуклеаза I (New England Biolabs M0293);
• пробирки для фрагментации ДНК Covaris g-TUBE.

Дополнительное оборудование:

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• магнитный штатив (Диаэм 3336);
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
• амплификатор;
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• таймер (например, TR118OS).

Опционально:

• флуориметр Qubit (Thermo FS Q33227) или аналогичный;
• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).

• возможно объединение до 12 образцов в общую библиотеку с целью снижения стоимости запуска секвенатора;
• исходное количество ДНК невелико;
• предполагается оптимизировать эксперимент с целью макисмального выхода;
• требуется контроль длины рида;
• секвенируется кДНК или специфические ампликоны.

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор PCR Barcoding Kit также может быть использован в сочетании с набором PCR cDNA Sequencing Kit (SQK-PCS109) для мультиплексного секвенирования кДНК.

Пробоподготовка заключается в опциональной фрагментации геномной ДНК с последующей достройкой концов, лигировании адаптеров к достроенным концам и ПЦР с праймерами, содержащими бар-коды. В состав набора входит 12 пар бар-кодированных праймеров. В конечном итоге образцы после ПЦР объединяются, и к смеси добавляются сиквенсные адаптеры.

Длины фрагментов, получаемых в ходе ПЦР, зависят от длины исходной матрицы и от процессивности ДНК-полимеразы. Максимальная длина рида составляет в среднем около 2 тыс п.н.

Пользователь также может использовать метод ПЦР с 2 парами праймеров (nested PCR); при этом одна пара праймеров - пользовательские праймеры к определённой последовательности ДНК, а вторая - бар-кодированные праймеры из набора. 5’-концы пользовательских праймеров должны быть комплементарны 3’-концам бар-кодированных праймеров.

Последовательности бар-кодов автоматически распознаются программой для интерпретации данных секвенирования, и риды группируются в соответствии с бар-кодами.

Ещё одно преимущество набора — если исходная ДНК загрязнена, то в ходе ПЦР существенно снижается концентрация примесей, которые могут ингибировать процесс получения библиотеки.

Если количество исходной ДНК менее 1 нг — рекомендуется предварительная полногеномная амплификация.

• магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);
• набор для достройки концов ДНК NEBNext End repair / dA-tailing Module (New England Biolabs E7546);
• набор для лигирования ДНК NEB Blunt/TA Ligase Master Mix (New England Biolabs M0367);
• мастер-микс для ПЦР длинных фрагментов, например, LongAmp Taq 2X Master Mix (New England Biolabs M0287);
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 30108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581);
• свежеприготовленный 70% этанол;
• буфер 10 мМ Трис-HCl с 50 мМ NaCl.

• пробирки для фрагментации ДНК Covaris g-TUBE.

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf #5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• магнитный штатив (Диаэм 3336);
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
• амплификатор (например, Thermo FS A37834);
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• термоконтейнер со льдом;
• таймер (например, TR118OS).

• флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227);
• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).

• работать с ограниченным количеством стартового материала;
• оптимизировать ход эксперимента для получения максимальной производительности;
• исследовать дифференциальную экспрессию генов;
• характеризовать транскрипционные изоформы, варианты с альтернативным спласингом и фьюжн-транскрипты;
• секвенировать полноразмерные кДНК и анализировать их количество.

• магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);
• мастер-микс для ПЦР LongAmp Taq 2x (New England Biolabs M0287);
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 30108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581);
• свежеприготовленный 70% этанол;
• 10 мМ раствор dNTP (Thermo Fisher Scientific R0191);
• обратная транскриптаза Maxima H Minus (Thermo Fisher Scientific EP0751);
• ингибитор РНКаз RNAseOUT (Thermo Fisher Scientific 10777019).

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• магнитный штатив (Диаэм 3336);
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
• амплификатор (например, Thermo Fisher Scientific A37834);
• набор автоматических пипеток переменного объёма - от 0.5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• термоконтейнер со льдом;
• таймер (например, TR118OS);
• охлаждающий штатив для пробирок на 0,2 мл (например, Eppendorf 3881000031).

• флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227);
• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).

Особенности набора:

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор предназначен для исследований, требующих простой пробоподготовки и быстрого результата, но не максимальной производительности секвенирования.

Пробоподготовка заключается в расщеплении ДНК транспозазой и присоединении к фрагментам олигонуклеотидов, содержащих сайты связывания ПЦР-праймеров. Затем каждый образец ДНК амплифицируется с помощью баркодированных праймеров. Баркодированные ампликоны объединяются, и к ним присоединяются сиквенсные адаптеры.

Длина ампликонов в среднем составляет около 2 килобаз и не зависит от длины исходной ДНК. Это связано в большей степени с особенностями пробоподготовки, а не с процессивностью Taq-полимеразы.

Поэтому для пользователей, работающих с малым исходным количеством геномной ДНК и желающих получить риды максимальной длины, рекомендуется набор Ligation Sequencing Kit и протокол Low input genomic DNA with PCR.

Набор позволяет работать с ДНК, содержащей примеси, которые снижают эффективность получения библиотеки. Это происходит благодаря стадии ПЦР. Но необходимо учитывать, что амплификация разных фрагментов может идти с разной эффективностью.

Если исходное количество ДНК менее 1 пг, рекомендуется полногеномная амплификация.

Сортировка ридов в соответствии с баркодами производится с помощью программных инструментов, доступных в рамках платформы EPI2ME.

В состав Rapid PCR Barcoding Kit также входит набор Flow Cell Priming Kit для загрузки библиотеки в поточную ячейку.

Условия хранения: -20 °С.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:

• магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Thermo FS AB0620);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo FS R0581);
• мастер-микс для ПЦР LongAmp Taq 2X (New England Biolabs M0287);
• свежеприготовленный 70% этанол;
• буферный раствор Tрис-HCl 10 мМ рН 8.0 с 50 мМ NaCl.

Дополнительное оборудование:

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• магнитный штатив (Диаэм 3336);
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
• амплификатор;
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• таймер (например, TR118OS).

• флуориметр Qubit (Thermo FS Q33227) или аналогичный;
• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).

• объединять несколько образцов ДНК в одну библиотеку;
• свести время пробоподготовки к минимуму;
• идентифицировать модификации нуклеотидов, так как пробоподготовка проходит без ПЦР;
• использовать минимум лабораторного оборудования.

Особенности набора:

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор предназначен для исследований, требующих простой пробоподготовки и быстрого результата, но не максимальной производительности секвенирования. Так как количество стадий пипетирования и время подготовки минимальны, набор даёт возможность получения длинных ридов, но макcимальная длина зависит от качества исходной ДНК. Поэтому для лучшего результата рекомендуется использовать ДНК со средней длиной фрагментов не менее 30 гигабаз. Для выделения высокомолекулярной геномной ДНК можно использовать набор Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (Qiagen).

Пробоподготовка заключается в расщеплении ДНК транспозазой и присоединении к фрагментам бар-кодов. Баркодированные фрагменты ДНК объединяются, и к ним присоединяются сиквенсные адаптеры.

Рекомендуемое исходное количество ДНК — не менее 400 нг. Возможно получение библиотеки из меньшего количества ДНК, а также из фрагментированной ДНК, но производительность будет ниже. Для получения библиотеки из меньших количеств ДНК рекомендуется набор PCR Sequencing Kit и протоколы Low Input и Rapid Low Input*.

Так как при получении библиотеки отсутствует стадия ПЦР, данный набор пригоден для выявления модифицированных нуклеотидов.

Сортировка ридов в соответствии с баркодами производится с помощью программных инструментов, доступных в рамках платформы EPI2ME.

В состав Rapid Barcoding Kit также входит набор Flow Cell Priming Kit для загрузки библиотеки в поточную ячейку.

Сиквенсные адаптеры RAP, входящие в набор, также могут быть приобретены в виде отдельного набора EXP-RAP001.

Условия хранения: -20 °С.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:

• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 003010851);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Thermo FS AB0620);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo FS R0581).

Опционально:

• магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);с
• свежеприготовленный 70% этанол;
• буферный раствор Tрис-HCl 10 мМ рН 8.0 с 50 мМ NaCl.

Дополнительное оборудование:

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• амплификатор;
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• таймер (например, TR118OS).

Опционально:

• флуориметр Qubit (Thermo FS Q33227) или аналогичный;
• система для фрагментного анализа (например,Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C);
• магнитный штатив (Диаэм 3336);
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L).

• изучать модифицированные нуклеотиды и другие характеристики нативной РНК;
• секвенировать молекулы РНК, которые плохо подвергаются обратной транскрипции.

Особенности набора

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор предназначен для работы с молекулами РНК, обладающими 3’-концевыми полиА –структурами — эукариотическими мРНК, полиаденилированными вирусными РНК или РНК, обработанными наборами для полиаденилирования. Для РНК без полиА-концов можно синтезировать пользовательские адаптеры, комплементарные 3’-концам (например, для тРНК или 16S-РНК).

В отличие от протоколов секвенирования кДНК, в случае использования набора Direct RNA Sequencing Kit происходит секвенирование нативных молекул РНК; только они проходят через поры проточной ячейки.

Стадия обратной транскрипции при пробоподготовке опциональна, но настоятельно рекомендуется — это повышает производительность секвенирования.

Набор Direct RNA Sequencing Kit незаменим в случае анализа модифицированных нуклеотидов. Если задача выявления таких нуклеотидов не ставится, рекомендуются наборы для секвенирования кДНК, так как они обеспечивают более высокую производительность.

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
• магнитный штатив (Диаэм 3336);
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
• амплификатор (например, Thermo Fisher Scientific A37834);
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• термоконтейнер со льдом;
• таймер (например, TR118OS);
• флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227).

Опционально:

• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).

В комплект поставки входят: буфер для электрофореза, ванночки для буфера, пробирки на 250 мкл в стрипе по 8 шт., пипетка, выравнивающий маркер 10-5000 п.н.