Молекулярное клонирование, модификация нуклеиновых кислот, рестрикция

АТФ (аденозин-5’-трифосфат) - высоко стабильный нуклеотид. Предлагается в виде водного 100 мМ раствора, титрованного NaOH до рН 7.3-7.5. Чистота не менее 99%. Стабилен при -20^оС в течение нескольких лет, выдерживает многократное замораживание-оттаивание.

Области применения:

• Транскрипция in vitro;
• синтез РНК, в том числе микроРНК;
• лигирование;
• фосфорилирование.

Условия хранения: -20^оС

Бензонуклеаза — это нуклеаза, расщепляющая все формы как ДНК, так и РНК (одноцепочечные, двухцепочечные, линейные и кольцевые). Фермент эффективен в широком диапазоне рабочих условий. Оптимальное значение pH для активности фермента составляет от 8,0 до 9,2. Бензонуклеаза гидролизует фосфодиэфирные связи, что приводит к образованию олигодезоксинуклеотидов с концевыми 5’-монофосфатами длиной 3-5 оснований.

Применение:

Бензонуклеаза идеальна для широкого спектра применений, где желательно полное расщепление нуклеиновых кислот:

• для гидролиза природных или денатурированных нагреванием ДНК и РНК;
• для удаления нуклеиновых кислот во время экстракции белка: бензонуклеаза уменьшает вязкость образца и облегчает последующие операции по очистке рекомбинантного белка или экстракции белка из образцов клеток тканей;
• для удаления нуклеиновой кислоты из клеточного или бактериального лизата, снижения вязкости раствора и увеличения выхода белка;
• для удаления примесей нуклеиновых кислот из препаратов рекомбинантного белка для подготовки образцов для двумерного гель-электрофореза белков;
• для предотвращения слипания клеток в клеточной смеси;
• для расщепление нуклеиновых кислот для облегчения получения высококачественных телец включения перед ренатурацией нерастворимых белков;
• для удаления загрязнения ДНК при приготовлении проб вакцины и вируса.

Единица активности.

За единицу активности бензонуклеазы принимают количество фермента, превращающего 50 мкг ДНК спермы лосося в нуклеотиды за 30 минут при 37 °C в реакционном буфере: 50 мМ Трис-HСl, pH 8,0 и 1 мМ MgCl₂.

CAS No	9025-65-4
Чистота	≥ 90% (SDS-PAGE)
Концентрация	250 ед./мл
Молекулярный вес (кДа)	30 000
Источник	Рекомбинантный белок полученный из E. coli
Оптимальная реакционная температура	20 - 37 °С
Оптимальный реакционный буфер	50 мМ Трис-HСl, 1 мМ MgCl₂, 50 - 150 мМ NaCl, pH 8,0
Токсичность	атоксичный
Условия хранения	50 мМ Трис-HCl, pH 8,0, 50 мМ NaCl, 5 мМ MgCl₂ и 50% глицерин
Температура хранения	-20 °C

Бензонуклеаза — это нуклеаза, расщепляющая все формы как ДНК, так и РНК (одноцепочечные, двухцепочечные, линейные и кольцевые). Фермент эффективен в широком диапазоне рабочих условий. Оптимальное значение pH для активности фермента составляет от 8,0 до 9,2. Бензонуклеаза гидролизует фосфодиэфирные связи, что приводит к образованию олигодезоксинуклеотидов с концевыми 5’-монофосфатами длиной 3-5 оснований.

Применение:

Бензонуклеаза идеальна для широкого спектра применений, где желательно полное расщепление нуклеиновых кислот:

• для гидролиза природных или денатурированных нагреванием ДНК и РНК;
• для удаления нуклеиновых кислот во время экстракции белка: бензонуклеаза уменьшает вязкость образца и облегчает последующие операции по очистке рекомбинантного белка или экстракции белка из образцов клеток тканей;
• для удаления нуклеиновой кислоты из клеточного или бактериального лизата, снижения вязкости раствора и увеличения выхода белка;
• для удаления примесей нуклеиновых кислот из препаратов рекомбинантного белка для подготовки образцов для двумерного гель-электрофореза белков;
• для предотвращения слипания клеток в клеточной смеси;
• для расщепление нуклеиновых кислот для облегчения получения высококачественных телец включения перед ренатурацией нерастворимых белков;
• для удаления загрязнения ДНК при приготовлении проб вакцины и вируса.

Единица активности.

За единицу активности бензонуклеазы принимают количество фермента, превращающего 50 мкг ДНК спермы лосося в нуклеотиды за 30 минут при 37 °C в реакционном буфере: 50 мМ Трис-HСl, pH 8,0 и 1 мМ MgCl₂.

CAS No	9025-65-4
Чистота	≥ 99% (SDS-PAGE)
Концентрация	250 ед./мл
Молекулярный вес (кДа)	30 000
Источник	Рекомбинантный белок полученный из E. coli
Оптимальная реакционная температура	20 - 37 °С
Оптимальный реакционный буфер	50 мМ Трис-HСl, 1 мМ MgCl₂, 50 - 150 мМ NaCl, pH 8,0
Токсичность	атоксичный
Условия хранения	50 мМ Трис-HCl, pH 8,0, 50 мМ NaCl, 5 мМ MgCl₂ и 50% глицерин
Температура хранения	-20 °C

Эндонуклеазы рестрикции от New England Biolabs комплектуются буфером, обеспечивающим максимальную активность конкретного фермента. Буфер NEBbuffer 1.1 (жёлтая маркировка) — один из четырёх стандартных рестриктазных буферов.

Состав 1-кратного буфера:

• 10 мМ MgCl₂;
• 10 мМ Бис-Трис-Пропан-HCl;
• 100 мкг/мл БСА;
• pH 7 (+25 °C).

Условия хранения — -20 ^°С.

Эндонуклеазы рестрикции от New England Biolabs комплектуются буфером, обеспечивающим максимальную активность конкретного фермента. Буфер NEBbuffer 2 (синяя маркировка) — один из четырёх стандартных рестриктазных буферов. В отличие от буфера NEBuffer 2.1, этот буфер не содержит БСА, поэтому рекомендуется использовать его с рестриктазами, не требующими БСА для своей работы.

Условия хранения — -20 ^°С.

Эндонуклеазы рестрикции от New England Biolabs комплектуются буфером, обеспечивающим максимальную активность конкретного фермента. Буфер NEBbuffer 2.1 (синяя маркировка) — один из четырёх стандартных рестриктазных буферов.

Состав 1-кратного буфера:

• 50 мМ NaCl;
• 10 мМ MgCl₂;
• 10 мМ Трис-HCl;
• 100 мкг/мл БСА;
• pH 7 (+25 °C).

Условия хранения — -20 ^°С.

Эндонуклеазы рестрикции New England Biolabs комплектуются буфером, обеспечивающим максимальную активность конкретного фермента. Буфер NEBbuffer 3 (красная маркировка) — один из четырёх стандартных рестриктазных буферов. В отличие от буфера NEBuffer 3.1, этот буфер не содержит БСА, поэтому рекомендуется использовать tuj с рестриктазами, не требующими БСА для своей работы.

Состав 1-кратного буфера:

• 10 мМ MgCl₂;
• 50 мМ Трис-HCl;
• 100 мМ NaCl;
• 1 мМ ДТТ;
• pH 7,9 (+25 °C).

Условия хранения — -20 °С.

Эндонуклеазы рестрикции от New England Biolabs комплектуются буфером, обеспечивающим максимальную активность конкретного фермента. Буфер NEBbuffer 3.1 (красная маркировка) — один из четырёх стандартных рестриктазных буферов.

Состав 1-кратного буфера:

• 10 мМ MgCl₂;
• 50 мМ Трис-HCl;
• 100 мМ NaCl;
• 100 мкг/мл БСА;
• pH 7,9 (+25 °C).

Условия хранения — -20 ^°С.

Эндонуклеазы рестрикции New England Biolabs комплектуются буфером, обеспечивающим максимальную активность конкретного фермента. Буфер NEBbuffer 4 (зелёная маркировка) — один из четырёх стандартных рестриктазных буферов. Этот буфер не содержит БСА, поэтому рекомендуется использовать его с рестриктазами, не требующими БСА для своей работы.

Состав 1-кратного буфера:

• 10 мМ MgCl_₂;
• 50 мМ ацетат калия;
• 20 мМ Трис-ацетат;
• 1 мМ ДТТ;
• pH 7,9 (+25 °C).

Условия хранения — -20 ^°С.

Эндонуклеазы рестрикции от New England Biolabs комплектуются буфером, обеспечивающим максимальную активность конкретного фермента. Буфер NEBbuffer 1 (жёлтая маркировка) — один из четырёх стандартных рестриктазных буферов. В отличие от буфера NEBuffer 1.1, этот буфер не содержит БСА, поэтому рекомендуется использовать его с рестриктазами, не требующими БСА для своей работы.

Состав 1-кратного буфера:

• 10 мМ MgCl₂;
• 1 мМ ДТТ;
• 10 мМ Бис-Трис-Пропан-HCl;
• pH 7,9 (+25 °C).

Условия хранения — -20 ^°С.

Эндонуклеазы рестрикции от New England Biolabs комплектуются буфером, обеспечивающим максимальную активность конкретного фермента. Обычно это один из четырёх стандартных буферов - 1.1, 2.1, 3.1 или CutSmart (для некоторых рестриктаз необходим специальный буфер). Все эти буферы имеют соответствующую цветовую маркировку на этикетке - жёлтую, синюю, красную или зелёную.
Состав буферов приведён на сайте New England Biolabs.

Условия хранения — -20 ^°С.

Деионизованная вода, обработанная диэтилпирокарбонатом (ДЭПК) и отфильтрованная через мембрану 0.22 мкм. Предназначена для экспериментов с использованием РНК.

Не содержит экзо- и эндонуклеаз, а также фосфатаз.

Не предназначена для ПЦР и экспериментов in vivo.

Деионизованная вода, отфильтрованная через мембрану 0.22 мкм. Предназначена для молекулярной биологии.

Не содержит экзо- и эндонуклеаз, а также фосфатаз.

ДНК-лигаза Т4 катализирует образование фосфодиэфирной связи между 5’-фосфорилированным и 3’-гидроксилированным концами двух фрагментов двойной цепи ДНК или РНК. Фермент восстанавливает однонитевые разрывы в двойных цепях ДНК, РНК или гибридов ДНК/РНК. ДНК-лигаза сшивает как липкие, так и тупые концы, но не однонитевые нуклеиновые кислоты.

В качестве кофермента требуется наличие АТФ.

ДНК-лигаза Т4 от Thermo Scientific активна в рестриктазных буферах, лигазном буфере и буфере для обратной транскрипции.

Реакция лигирования липких концов происходит в течение 10 минут при комнатной температуре.

Для лигирования тупых концов в комплект входит раствор полиэтиленгликоля.

Области применения:

• Клонирование фрагментов ДНК или ПЦР-фрагментов в вектор после рестрикции;
• пришивка олигонуклеотидных линкеров и адапторов к ДНК;
• лигазная детекция РНК ;
• репарация 1-цепочечных разрывов в двухцепочечных молекулах нуклеиновых кислот;
• циркуляризация линейной ДНК.

ДНК-лигаза Т4 Thermo Scientific комплекутется 10-кратным лигазным буфером и 50% растворов ПЭГ.

Активность ДНК-лигазы может измеряться в единицах лигирования липких концов (лигирование 50% HindIII-фрагментов ДНК фага в течение 30 минут) или в единицах Вейсса (каталитическое превращение 1 нмоль дифосфата в течение 20 минут). 1 единица Вейса равна 200 единицам лигирования липких концов.

Важно!

1) Связывание лигазы с ДНК може приводить к смещению полос в агарозном геле. Во избежание подобного смещения рекомендуется добавлять к электрофорезным образцам буфер для нанесения с SDS и инкубировать образцы в течение 10 минут при +65^оС, а затем охладить во льду.

2) При электротрансформации лигазной смеси необходимо произвести очистку ДНК от фермента (на спин-колонках или фенол-хлороформной экстракцией)

Условия хранения: -20^оС