Станция выделения нуклеиновых кислот и белков по принципу гомогенизации методом механического разрушения образца с помощью лизирующих матриц, FastPrep

В любых научных и диагностических лабораториях необходима универсальная система для быстрого и эффективного выделения ДНК, РНК и белков из биологических образцов – клетки, ткани и органы человека, животных растений, грибов; образцов высокой твердости — семена, хвоя, минералы, почва и т.д.

Выбор механического гомогенизатора FastPrep — это лучшее решение на сегодняшний день в случаях сложных образцов, которые не поддаются разрушению другими методами, для большого количества образцов, для образцов требующих охлаждения и когда образца очень мало.

Благодаря широкой линейке лизирующих матриц на основе гранул различного размера (шарики разных диаметров в разных сочетаниях — из стали, керамические, стеклянные, из оксида алюминия, из силиката циркония, из карбида кремния, а также гранатовый песок) и уникального восьмеркообразного вертикально-углового движения прибор FastPrep уже давно зарекомендовал себя, как система для сверхбыстрой высококачественной гомогенизации и лизица клеточной стенки образцов любой сложности — что позволяет смело поставить его в ряд со станциями выделения НК и белков!

Информация для заказа:

Приборы европейского качества FastPrep используется в актуальных исследовательских работах, опубликованных в ведущих научных журналах.

Абстракты работ для выделения НК из хвои, мокроты и клещей

1. Cameron S. J. S. et al. A pilot study using metagenomic sequencing of the sputum microbiome suggests potential bacterial biomarkers for lung cancer //PloS one. – 2017. – Т. 12. – №. 5. – С. e0177062.

Рак легких является наиболее распространенным видом рака и уносит более 1,3 миллиона жизней каждый год. Для пациентов с онкологическими заболеваниями легких показана низкая пятилетняя выживаемость, поэтому для улучшения результатов лечения пациентов необходимы новые методы скрининга и диагностики злокачественных новообразований. В статье сообщается о пилотном исследовании по оценке потенциала микробиома мокроты как источника неинвазивных бактериальных биомаркеров для определения статуса и стадии рака легких. Образцы спонтанной мокроты были собраны у десяти пациентов, имеющие подозрение на рак легких, из которых у четырех в конечном итоге был диагностирован рак легких, а у шести диагноз не подтвердился в течение года. Из семи видов бактерий, обнаруженных во всех образцах, уровень бактерий вида Streptococcus viridans был значительно выше в положительных образцах. Еще семь видов бактерий были обнаружены только у пациентов с отрицательным диагнозом, а 16 – только в образцах от пациентов с раком легких. Были выявлены различия в таксономическом составе, при этом пять видов имели значительно более высокую численность в положительных образцах, а вид Granulicatella adiacens показывал самый высокий уровень. Функциональные различия включали метаболизм полиаминов и рецепторы сидерофоров. Численность G. adiacens в положительных образцах коррелировала с шестью другими видами бактерий, а именно Enterococcus sp. 130, Streptococcus intermedius, Escherichia coli, S. viridans, Acinetobacter junii и Streptococcus sp. 6, что также может быть связано со стадией рака легкого. Таким образом, спонтанная мокрота является хорошим источником потенциальных бактериальных биомаркеров, которые могут быть полезны для оценки статуса и стадии рака легких.

Возбудителем парши овец являются клещ вида Psoroptes ovis. Парша является заразным заболеванием, вызывающим сильный зуд, выпадение шерсти и поражения кожи у овец. Эти поражения усугубляются вторичными бактериальными инфекциями. Бактерии, по-видимому, играют комплексную роль в патогенности этого заболевания и обнаруживаются во внутренних полостях P. ovis. Целью исследования стало изучение ассоциаций микроорганизмов для определения микроорганизма-мишени для контроля заболевания. Микробные сообщества, связанные с паршой овец, исследовали с использованием как молекулярных, так и бактериологических методов. Были выбраны несколько экологических ниш: пораженная паршой шерсть, внутренняя полость клеща и экскременты.

В микробных сообществах были идентифицированы многие виды и группы бактерий. Некоторые бактерии были общими для всех сред, тогда как другие были выделены из образца одного типа. Были исследованы клещи из естественной среды обитания и выращенные in vivo для идентификации универсальных и потенциально полезных бактерий. Кроме того, при помощи ПЦР был проведен скрининг клещей P. ovis для выявления потенциальных эндосимбиотических бактерий. В клещах из естественной среды обитания и клещах, выращенных in vivo достоверно идентифицированные бактерии рода Comamonas sp. Эти бактерии были идентифицированы как эндосимбионты у других членистоногих, и их роль у клещей вида P. ovis требует дальнейшего изучения. В лаборатории были проведены эксперименты по искусственному кормлению клещей P. ovis. Первоначально для клещей P. ovis сконструировали и оптимизировали камеры для содержания вне хозяина. Был проверен ряд диет, после чего сравнивали антибиотики по их действию на бактерии P. ovis. Эксперименты показали, что выживаемость P. ovis значительно снижалась при применении антибиотиков, также замечено изменение плотности популяции бактерий внутри клеща.

Был изучен потенциал терапии бактериофагами для микробиологического контроля бактерий, ассоциированных с P. ovis. Бактерии, полученные из фекалий P. ovis, использовали для выделения бактериофагов из образцов окружающей среды. Были выделены шестнадцать бактериофагов, которые способны вызывать инфекцию у трех видов фекальных бактерий клеща. Выделенные бактериофаги были охарактеризованы рядом методов, включая их реакцию на химические вещества, ферменты и динамику инфекции как в твердой, так и в жидкой фазах. Были также проведены эксперименты in vitro с бактериофагами, что приводило к значительному снижению продолжительности жизни клещей при использовании некоторых из них. Обсуждается возможность использования бактериофагов для борьбы с клещами вида P. ovis.

3. Rockwood N. et al. Variation in pre-therapy levels of selected Mycobacterium tuberculosis transcripts in sputum and their relationship with 2-month culture conversion //Wellcome Open Research. – 2019. – Т. 4. – №. 106. – С. 106.

Общая информация. Копийность транскриптов Mycobacterium tuberculosis (MTB) в мокроте перед химиотерапией может улучшить понимание факторов, влияющих на ответ после терапии. Мы предположили, что различия в распространенности ранее существовавших медленно метаболизирующих Mycobacterium tuberculosis в мокроте могут быть в какой-то степени ответственны за скорость ее клиренса во время лечения.

Методы. Количественная полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (qRT-PCR) использовалась для характеристики выбранного транскрипционного профиля MTB в мокроте перед химиотерапией и оценки индивидуальных вариаций. Разница в пороговом цикле (Ct) на ген, нормализованная по гену 16S, между экспоненциальной и стационарной фазами роста бактерии и мокротой была рассчитана и стратифицирована по двухмесячному статусу негативации культуры.

Результаты: Больные рифампицин-чувствительным туберкулезом и негативные по ВИЧ-1 получали предварительную химиотерапию мокроты; 11 пациентов показали отрицательный результат на культивирование после двух месяцев терапии, а 8 пациентов дали положительный результат на культивирование.

Увеличение уровня транскрипции генов icl1 и prpD и rpsN2:rpsN1 в мокроте по сравнению с культурой указывает на метаболизм холестерина и низкое содержание цинка соответственно. Увеличение уровня транскрипции hspX и снижение уровня транскрипции atpA и nuoG по сравнению с культурой, находящейся на фазе экспоненциального роста, дает предположение о наличии медленно метаболизирующей субпопуляцию микобактерий. Хотя генотип hspX^hiatpA^lonuoG^lo варьировался, мы не наблюдали статистически значимого увеличения этого генотипа у людей с статусом негативации культуры, а также ассоциации фенотипа с происхождением линии микобактерий.

Заключение. Дифференциальный анализ выбранных информативных транскриптов свидетельствует о метаболически менее активной субпопуляции, наличие которой варьируется среди неизлеченных пациентов.

4. Doud M. S. A multi-faceted diagnostic approach to lung infections in patients with cystic fibrosis. – 2010.

В США у одного из 3000 человек встречается врожденный муковисцидоз (МВ), генетическое заболеванием, поражающее репродуктивную систему, поджелудочную железу и легкие. Заболевания легких, вызванные хроническими бактериальными и грибковыми инфекциями, являются главной причиной заболеваемости и смертности при муковисцидозе. Идентичность мироорганизмов традиционно определяют путем культивирования с последующим фенотипическим и биохимическим анализом. Сначала считалось, что бактериальные инфекции вызываются отдельными группами бактерий, таких как S. aureus, H. influenzae, B. cenocepacia и P. aeruginosa. С появлением ПЦР и молекулярных методов стала очевидна множественная природа заболеваний легких при муковисцидозе. В легких при муковисцидозе имеется множество бактерий, а их сообщества разнообразны и уникальны для каждого пациента. Однако, большая часть грибковых микроорганизмов в этих сообществах до сих пор остается не идентифицированной. Данная диссертация призвана устранить этот пробел в знаниях. Краткая характеристика бактериального сообщества мокроты при муковисцидозе была получена с использованием метода профилирования сообщества методом LH-PCR (length heterogeneity PCR, гетерогенность длин ампликонов). Профили показывают, что у пациентов с муковисцидозом в Южной Флориде обнаруживается уникальное, разнообразное и динамичное бактериальное сообщество, изменяющееся со временем. Была установлена биологическая принадлежность представленных бактерий и грибов с использованием NGS-секвенирования на платформе Roche 454. Результаты секвенирования показывают, что микробиом легких при муковисцидозе содержит патогенные и считающиеся частью здорового основного биома бактерии и новые микроорганизмы. Понимание динамических изменений идентифицированных микроорганизмов в конечном итоге приведет к улучшению терапевтических вмешательств. Раннее выявление таких микроорганизмов является ключевым фактором уменьшения повреждения легких, вызванного хроническими инфекциями. Таким образом, существует потребность в точных и чувствительных диагностических тестах. Эта проблема была решена путем разработки диагностического инструмента с использованием поверхностного плазмонного резонанса, ориентированного на возбудителей муковисцидоза. Благодаря выявлению микроорганизмом, ассоциированных с муковисцидозом, и пониманию их взаимодействия с микробиомом, пациенты могут получить более эффективное лечение и жить дольше.

Клещ вида Tyrophagus putrescentiae населен бактериями, которые различаются в зависимости от популяции и рациона. Здесь мы исследовали, как микробиом и приспособленность T. putrescentiae изменяются в зависимости от диеты и популяции. Для четырех популяции T. putrescentiae, обозначенные как «собака», «Копперт», «лаборатория» и «Филлипс», осуществляли переключение рациона с диеты для выращивания на два экспериментальных рациона. Микробиом исследовали путем секвенирования части V1-V3 гена 16S рРНК, а выбранные бактериальные таксоны определяли количественно с помощью количественной ПЦР с использованием праймеров, специфичных для группы/таксона. Наблюдаемыми параметрами были изменения скорости роста популяции клещей и статуса питания, т.е. общего содержания гликогена, липидов, сахаридов и белков в клещах. Влияние нарушения диеты на изменчивость состава микробиома и рост популяции было ниже, чем влияние, вызванное типом популяции. Напротив, нарушение диеты оказало большее влияние на пищевой статус клещей, чем на популяцию клещей. Эндосимбионты проявляли высокую степень вариации среди популяций T. putrescentiae, включая Cardinium в лабораторной популяции, Blattabacterium-подобные бактерии в популяции «собака» и Wolbachia в популяциях «собака» и «Филлипс». Solitalea-подобные и Bartonella-подобные бактерии присутствовали в популяциях «собака», «Копперт» и «Филлипс» в различных соотношениях. Микробиом T. putrescentiae динамичен и варьируется в зависимости как от популяции клещей, так и от нарушения диеты, при этом макробиотические сообщества остаются устойчивыми. Бактериальные эндосимбионты были обнаружены во всех популяциях, но представляли доминирующую часть микробиома только в части из них.

См. также:

Выделение и очистка нуклеиновых кислот

Гомогенизаторы пестиковые микробиологические

Гомогенизаторы ультразвуковые (дезинтеграторы)

Гомогенизаторы универсальные UltraTurrax Tube Drive

Мельницы лабораторные

Ниже Вы можете задать вопрос или оставить запрос в свободной форме: