Секвенирование NGS Выбраны параметры: Raissol

Набор предназначен для высокоэффективного приготовления секвенирующих библиотек из готовых ампликонов длиной до 600 п.н., предназначенных для работы на платформах Illumina. Ключевым преимуществом методики является исключение этапа фрагментации, поскольку исходным материалом служат уже готовые ПЦР-продукты (ампликоны) целевых геномных локусов. Это не только значительно ускоряет процесс пробоподготовки, но и позволяет избежать нежелательной деградации ДНК и потери материала, обеспечивая высокий выход целевых последовательностей. Процедура оптимизирована для работы с входным количеством ДНК в диапазоне от 10 до 100 нг, что охватывает большинство стандартных задач в области таргетного секвенирования, включая панели генов и поиск точечных мутаций.

Особенности набора SG GM Ampli

• Исключена стадия очистки между процессами репарации и последующего лигирования, что сокращает продолжительность подготовки проб, а также снижает риск возникновения ошибок и перекрестной контаминации;
• индексы вносятся в библиотеку при помощи ПЦР, индексные праймеры совместимы с праймерами по технологии Illumina TrueSeq;
• оптимальное число циклов ПЦР — 6.

Состав набора SG GM Ampli

• 3 в 1 буфер;
• 3-фермент;
• лигазный буфер;
• лигаза;
• адаптеры;
• ПЦР буфер;
• ПЦР фермент 1;
• ПЦР фермент.

Обратите внимание, что следующие компоненты, необходимые для завершения подготовки библиотек, в комплект не входят и приобретаются отдельно.

Реагенты для очистки: парамагнитные частицы на основе технологии SPRI (например, Smart beads, Raissol, арт. #smartb 50/120/240) для селективного осаждения и отмывки фрагментов ДНК на различных стадиях протокола.

Праймеры для индексирования: комплекты уникальных праймеров (#Plate1_SG_GM и #Plate2_SG_GM), необходимые для введения индексов и последующего объединения (мультиплексирования) образцов в одном потоке секвенирования на платформах Illumina.

Условия хранения: для всех компонентов набора SG GM Ampli требуется соблюдать температурный режим хранения -20 °C, срок годности — 12 мес.

Набор реагентов SG GM предназначен для ферментативной подготовки полногеномных секвенирующих библиотек по технологии Shotgun Sequencing. Данный метод подразумевает исследование генома за счет его случайной фрагментации ферментом — с последующим секвенированием полученных коротких фрагментов и их сборкой in silico. Использование ферментативного подхода позволяет точно контролировать размер получаемых фрагментов (от 130 п.н.) путем регулирования времени реакции, что обеспечивает высокую воспроизводимость результатов. Набор демонстрирует универсальность, работая как с геномной ДНК, так и с длинными ампликонами (свыше 800 п.н.), что делает его идеальным инструментом для решения задач de novo секвенирования, метагеномного анализа и полнотранскриптомного секвенирования (RNA-Seq).

Особенности набора ShotGun, SG GM

• Путем варьирования продолжительности ферментативной фрагментации можно контролировать размер получаемых фрагментов;
• стадии репарации и лигирования выполняются последовательно в одной пробирке;
• очистку после стадии лигирования рекомендуется проводить с применением парамагнитных частиц по технологии SPRI (метод селекции ДНК по длине, применяемый для выделения фрагментов ДНК заданного размерного диапазона из смеси фрагментов различной длины);
• индексы вводятся в библиотеку с помощью ПЦР, индексные праймеры совместимы с праймерами платформы Illumina TrueSeq;
• оптимальное количество циклов ПЦР — 8.

Состав набора ShotGun, SG GM

• 3 в 1 буфер;
• 3-фермент;
• ДНК-нуклеаза;
• лигазный буфер;
• лигаза;
• адаптеры;
• ПЦР буфер;
• ПЦР фермент 1;
• ПЦР фермент.

Обратите внимание, что следующие компоненты, необходимые для завершения подготовки библиотек, в комплект не входят и приобретаются отдельно.

Реагенты для очистки: парамагнитные частицы на основе технологии SPRI (например, Smart beads, Raissol, арт. #smartb 50/120/240) для селективного осаждения и отмывки фрагментов ДНК на различных стадиях протокола.

Праймеры для индексирования: комплекты уникальных праймеров (#Plate1_SG_GM и #Plate2_SG_GM), необходимые для введения индексов и последующего объединения (мультиплексирования) образцов в одном потоке секвенирования на платформах Illumina.

Условия хранения: для всех компонентов набора SG GM требуется соблюдать температурный режим хранения -20 °C, срок годности — 12 мес.

Набор реагентов SG GM Plus представляет собой усовершенствованное решение для полной подготовки секвенирующих библиотек по методу дробления (Shotgun Sequencing). Технология основана на ферментативной фрагментации ДНК, которая позволяет получать фрагменты заданного размера, начиная от 130 п.н., из различных типов исходного материала — геномной ДНК или ДНК-ампликонов длиной свыше 800 п.н. Ключевым преимуществом набора является встроенная оптимизация протокола за счет включения магнитных частиц для очистки, что значительно сокращает общее время подготовки проб и минимизирует риски потери материала. Набор обеспечивает высокую воспроизводимость результатов при работе с широким диапазоном входных количеств ДНК: рекомендуется 200 нг для геномной ДНК и 100 нг для ПЦР-продуктов.

Особенности набора ShotGun Plus, SG GM Plus

• Путем варьирования времени ферментативной фрагментации существует возможность регулирования размеров получаемых фрагментов;
• обработка фрагментированной ДНК не требует проведения стадии очистки после завершения этапа фрагментации;
• процессы репарации и лигирования выполняются последовательно в одной реакционной пробирке;
• очистку после стадии лигирования рекомендуется выполнять с применением парамагнитных частиц по технологии SPRI (метод селекции ДНК по длине, применяемый для выделения фрагментов ДНК заданного размерного диапазона из смеси фрагментов различной длины);
• введение индексов в библиотеку осуществляется методом ПЦР, индексные праймеры обладают совместимостью с праймерами платформы Illumina TrueSeq;
• оптимальное количество циклов амплификации — 8.

Состав набора ShotGun Plus, SG GM Plus

• 3 в 1 буфер;
• 3-фермент;
• ДНК-нуклеаза;
• лигазный буфер;
• лигаза;
• адаптеры;
• ПЦР буфер;
• ПЦР фермент 1;
• ПЦР фермент
• элюирующий буфер;
• магнитные частицы.

Обратите внимание, что следующие компоненты, необходимые для завершения подготовки библиотек, в комплект не входят и приобретаются отдельно.

Праймеры для индексирования: комплекты уникальных праймеров (#Plate1_SG_GM и #Plate2_SG_GM), необходимые для введения индексов и последующего объединения (мультиплексирования) образцов в одном потоке секвенирования на платформах Illumina.

Условия хранения: для всех компонентов набора SG GM Plus требуется соблюдать температурный режим хранения -20 °C, срок годности — 12 мес.

Планшет содержит готовые к использованию праймеры для создания высокопроизводительных мультиплексированных библиотек, совместимых с платформой Illumina. Индексные последовательности встраиваются в ампликоны непосредственно в процессе ПЦР-амплификации. Данный комплект (первый из двух доступных) включает 96 предварительно смешанных уникальных комбинаций праймеров с индексами i5 и i7, расфасованных в индивидуальную 96-луночную планшету. Формат поставки рассчитан на проведение 5 реакций для каждого индекса.

Праймеры демонстрируют полную совместимость с наборами для подготовки библиотек: SG GM, SG GM Maxi, SG GM Plus, SG GM Ampli, SG GM Maxi Plus.

Условия хранения: требуется соблюдать температурный режим хранения -20 °C, срок годности — 12 мес.