«В гостях у лаборатории с GeneTitan» / Реализация эксперимента с использованием GeneTitan

11.04.2022

Содержание статьи:

Современная эпидемиологическая ситуация заставляет отказаться от личных экскурсий в лаборатории ThermoFS, но оставляет возможность для виртуального посещения рабочих мест, на которых применяется оборудование компании.

Так выглядит лаборатория в Дармштадте, виртуальную экскурсию по которой мы предлагаем вашему вниманию.

Вот робот для классического выделения ДНК и РНК.

«Сердце» лаборатории – прибор GeneTitan рядом с плеядой классических амплификаторов.

Далее мы видим два прибора Multidrop – это приборы для рутинного раскапывания, дозирования жидкостей.

прибор Multidrop Thermo FS

Прибор черного цвета – это запаиватель планшетов.

Рядом с ним Integra – прибор для дозирования жидкостей, представляющий собой 96-канальный дозатор. Плашку на 384 лунки он раскапывает критически быстро, что очень удобно при рутинном процессе, при работе с большим объемом образцов.

Следует обратить внимание на степпер– очень удобный инструмент для данной технологии.

Это центрифуга для плашек.

Далее идет классический ряд стандартных центрифуг.

Так выглядит Gene Chip Scanner – очень компактный прибор, занимающий совсем немного места на столе.

Правее расположены промывочные станции, рассчитанные на 4 чипа каждая. То есть мы можем видеть, что 16 образцов можно промыть за один подход при данной комплектации лаборатории. В лаборатории также есть печи, в которых происходит гибридизация, лабораторные холодильники; еще один Multidrop, а также небольшой приборчик – вентилятор для деионизации. Он необходим при работе по данной технологии.

Ознакомимся с первой частью рабочего процесса при использовании системы для микроматричного анализа GeneTitan Multi-Channel.

genetitan_multi_channel

Сначала нужно включить эту систему, уже подключенную к источнику питания. Также уже отрегулировано давление на приборе, которое будет подаваться либо компрессором, либо, как в этой лаборатории, с помощью системы постоянной подачи газа. Чтобы включить систему и активировать ее, необходимо в программе GCC Launcher включить иконку приложения GeneTitan Instrument Control. Нажимаем ее, инструмент начинает загружаться – для этого требуется около пяти минут.

В это время можно зарегистрировать образцы и подготовить планшет к работе. У нас есть планшет с чипами, которые содержат зонды, куда будет прикрепляться «разрезанная» ДНК, и есть гибридизационный планшет – специальный, с защелками, который ставится в инструмент, не закрываясь. В этот планшет налиты образцы, которые готовы к гибридизации, и нужно только поставить его в инструмент именно в открытом виде, чтобы сверху система могла положить планшет с чипами и совместить их.

Для загрузки системы иногда требуется длительное время, связанное с необходимостью полного прогрева гибридизационной печи (окошко слева) и прогрева флюидики. Для сканирования система сейчас еще не готова, но на первом шаге это и не требуется.

Подготовка системы и регистрация образцов

При старте GCC Software нужно не забывать проверять, что закрыты бутылки, чтобы система смогла проверить давление газа: пока бутылки открыты, газ выходит и проверить давление (и наличие разгерметизации) нельзя.

После закрытия бутылок нажимаем в приложении кнопку Retry, и система снова начнет создавать давление, после чего (поскольку утечки теперь нет) успешно загрузится.

Для регистрации образцов следует активировать GCC Software Portal командой GeneTitan. В нем есть следующие разделы: Data (группирует файлы по папкам и проектам) и папка «Образцы», к которой мы перейдем позже.

Сначала нужно активировать Project: проверить, есть ли необходимый проект, а если нет, то зайти во вкладку FoldReview и создать папку, которая будет одновременно и проектом. Она необходима для системы GeneTitan, чтобы поместить туда данные об образцах. В главной папке создаем папку нужного нам проекта, даем ей название. Создаем здесь также проект: это особая папка, которая будет распознана самим прибором и программным обеспечением как проект. Нажимаем Add – добавить – и у нас появляется эта специальная папка-проект.

Для добавления образцов переходим в папку Samples, находим GeneTitan Array Plate Registration. Начинаем с выбора, какой у нас будет планшет и какая библиотека. Выбираем тип образцов, предварительно скачанный из интернета со страницы ThermoFS и установленный сюда.

Скачиваем шаблон (файл Excel) для добавления образцов. В этот шаблон необходимо внести штрих-код планшета, поставив курсор в желтое поле и с помощью сканера отсканировав штрих-код планшета, после чего нажимом кнопки Enter поле заполняется для всех образцов.

Затем необходимо заполнить имя файла. Это может быть либо порядковый номер вашего выделяемого образца, либо некий номер согласно вашей библиотеке или биобанку. Например, можно просто ввести 1, 2, 3 и так до 96. А Remain уже помечает, как будет называться файл чипа, создаваемый для каждого из образцов.

Для удобства рекомендуется использовать функцию Excel, составляющую длинные сложносоставные слова из частей текста, которые имеются в данной таблице. Берем, например, сначала расположение каждого чипа, разделяем его нижним подчеркиванием и далее указываем имя образца. По такой системе теперь будет помечена каждая лунка в этом эксперименте.

После создания имен лунок копируем имеющуюся здесь информацию и вставляем только текст из нее в колонку ArrayName.

Главное для исследователя – заполнить столбики SampleFileName и ArrayName, остальное можно не заполнять. А баркод мы ввели в самом начале.

Сохраняем этот файл, заходим обратно в систему, подгружаем этот экселевский файл, и сюда – в окно – необходимо также отсканировать штрих-код планшета. Это нужно, чтобы система еще раз дополнительно проверила, правильно ли мы внесли для данного планшета имена образцов. Нажимаем кнопку Upload, и система сообщает, что файлы сейчас были внесены без всяких ошибок.

Подтверждаем ответ на вопрос системы «Точно хотите сохранить образцы?»– Да. Чтобы сохранить, нажимаем кнопку Save. Образцы сохранены успешно.

Настройка системы

Теперь нужно вернуться в систему, управляющую GeneTitan. Здесь есть две вкладки: Статус системы и Настройка системы. Здесь следует выбрать протокол, который будет использован – например, обычный традиционный протокол HighWashScan, который совмещает все основные действия с чипами: сначала проводится гибридизация, потом отмывка и окрашивание, затем автоматически планшеты отправляются на сканирование.

Нажимаем кнопку Next.

Система предлагает снова ввести штрих-код планшета, который у нас есть (еще один шаг по контролю). Вводим номер планшета, а дальше следуем шагам, которые система предлагает.

Вновь нажимаем Next. Система автоматически определяет протокол, необходимый для данного планшета. Пока давление в системе сброшено, можно спокойно открыть любую бутылку и долить ее буферами, которые идут в комплекте с каждым набором чипов, с каждым планшетом. А затем с помощью кнопки, находящейся на самом приборе, подтвердить, что жидкости долиты до определенных объемов.

После этого система опять проверяет давление в бутылках – на случай, есть ли протечка. Это займет буквально одну минуту.

Далее система предлагает пользователю проверить, пуста ли корзина для отходов – она действительно пустая. Корзину нужно аккуратно вставить на место, закрыть крышку и нажать кнопку подтверждения.

После этого система автоматически проверяет, что в приборе нет никаких оставшихся от предыдущего запуска расходных материалов. Можно подтвердить это действие.

Только теперь система позволит наконец загрузить чип для работы. Следует обратить внимание на цветовую схему управляющей программы: в синей подложке – сами чипы (массив), погрузим их строго согласно необходимому расположению. Проверяем позиционирование. Далее загрузим планшет с готовыми для гибридизации образцами. Проверяем их положение в самом приборе – чтобы оно было ровным и точно совпадало с первым планшетом.

Далее система предлагает выбрать, какие чипы будут отсканированы. Обычно выбираются все чипы. Но при необходимости можно выбрать только определенные – например, те, которые нужно пересканировать.

Выбрав все чипы, нажимаем Next. Мы действительно убедились, что в левой позиции у нас находится планшет, который будет гибридизоваться, и нажимаем кнопку ОК, чтобы он продолжил с левой позиции.

Сейчас система будет открывать планшет со всеми чипами, помещать его на планшет с реактивами для гибридизации – то есть с нашей ДНК, готовыми к гибридизации, и затем закрывать – защелкивать – чипы на том планшете. Затем она предложит нам проверить, действительно ли они плотно защелкнуты и правильно вставлены друг в друга. И затем уже начнется гибридизация.

После того, как пользователь услышит пару щелчков при закрывании чипов, прибор выгрузит сообщение «планшет закрыт». Пользователь должен проверить, хорошо ли закрыт планшет: просто можно прижать его для проверки, не щелкнет ли он дальше, посмотреть со всех сторон, закрыты ли защелки, все ли в порядке – да, в данном случае мы видим, что закрыт он хорошо, и крышка с чипами у него находится внутри самого планшета. Сейчас нужно подтвердить системе, что планшет надежно закрыт – нажимаем ОК либо кнопку, расположенную на самом приборе. Нажимаем ОК, и система отправляет чипы на гибридизацию, которая продлится 23,5 часа.

Примерно за полтора часа до окончания этого времени пользователю необходимо начать подготовку к разведению необходимых мастер-миксов – реагентов для дальнейшей отмывки, окрашивания и лигирования.

Мастер-микс

Это уже вторая часть эксперимента, о ней мы расскажем в следующем видео.


Возврат к списку

Ваш заказ будет обработан
в ближайшее время.
Мы пришлем уведомление, как только все будет готово. Спасибо!