- Анализ 3’-нетранслируемых областей и исследование альтернативного полиаденилирования;
- требуемое количество РНК — от 10 нг;
- можно использовать на деградированной РНК (например, из FFPE-образцов);
- методика включает стадию удаления глобиновой мРНК;
- анализ данных осуществляется на платформе Bluebee genomics с бесплатным доступом;
- можно секвенировать одновременно до 9216 образцов по методу одиночных прочтений.
Наборы
QuantSeq 3’ mRNA-Seq предназначены для получения
Illumina-совместимых библиотек из поли-А РНК. Протокол занимает около 4,5 часов.
Особенность методики — получение только одного фрагмента с одного транскрипта, что даёт возможность оценить уровень экспрессии с высокой точностью. При этом секвенируются последовательности в непосредственной близости от 3’-конца мРНК.
Наборы
QuantSeq доступны как для транскриптов с прямой цепи (
FWD), так и для обратной цепи (
REV). Обе версии обеспечивают высокую специфичность по отношению к направлению цепи.
В состав набора
QuantSeq REV входит олиго-дТ праймер, вводящий линкерную последовательность
Read 1 в состав синтезируемой цепи. Этой последовательности комплементарен праймер
CSP (
Custom Sequencing Primer), входящий в набор и дающий последовательность, соответствующую кДНК. Библиотеки, полученные с помощью
QuantSeq REV, можно секвенировать по методу парных прочтений (
paired-end).
В состав набора входят магнитные частицы для очистки библиотек, что делает возможным автоматизацию процесса.
Мультиплексирование до 96 образцов обеспечивается с помощью индексов
i7, входящих в набор. Дополнительно можно использовать набор индекcов
i5 (каталожный номер
047), в итоге можно объединить в библиотеке до 9216 образцов.
В качестве стартового материала используется суммарная РНК, обогащение полиА-транскриптами происходит за счёт олиго-дТ праймеров.