Секвенирование методом Сэнгера. Часть 5. Аппаратное обеспечение капиллярного секвенирования

• Для серьезных потребностей
• Современный, удобный, компактный
• Заголовок 3

ThermoFisher Scientific предлагает широкую линейку секвенаторов, которая может удовлетворить все потребности лабораторий – от маленьких до самых больших. Отличаются они количеством обрабатываемых в день образцов.

Обычно выбирают среди трех моделей – серии 3500 или SeqStudio.

Для серьезных потребностей

Секвенатор серии 3730 ранее был представлен в двух вариантах: обычные на 48 капилляров и XL – на 96. Теперь он выпускается как 3730 Обновленный: выглядит эта модель, как старые приборы, но имеет ряд преимуществ. Главное – легкость увеличения производительности прибора путем замены капилляров: если есть две капиллярные сборки, можно их легко менять. Высокопроизводительный обновленный 3730 может использоваться для крупных лабораторий и центров.

В прежних приборах использовался аргоновый лазер – очень дорогостоящий и с ограниченным сроком службы. Выход его из строя надолго нарушал нормальную работу прибора.

В новых приборах установлены принципиально иные твердотельные лазеры, срок службы которых существенно больше – у пользователей теперь снижены затраты на замену этого узла. Более того, замена типа лазера повлияла на количество выбрасываемой энергии и тепла – а это значит, что в помещениях, где работает прибор, теперь меньше требований к кондиционированию помещений и даже к розеткам за счет меньшего энергопотребления.

Программы для этого прибора работают под Windows 10, причем на новых приборах все ПО будет доступно (на старые приборы новое программное обеспечение не устанавливалось).

К прибору есть традиционный дистанционный доступ для команды техподдержки, что позволяет на расстоянии решить проблемы технического характера.

Современный, удобный, компактный

SeqStudio на 4 капилляра - на сегодня самый маленький и компактный секвенатор от ThermoFisher. В нормальной комплектации с 50-сантиметровыми капиллярами он читает до 650-700 пар оснований.

Прибор максимально автоматизирован, для него продаются все готовые расходные материалы: картридж, включающий капилляры, полимер и один из буферов.

Прибор не требует спектральной калибровки под большинство приложений за исключением отдельных специальных, которых не так много. Он очень прост в использовании, может управляться различными способами: через облако, с экрана, с приборного компьютера. Здесь самые короткие капилляры и специальный полимер нового типа POP1. Такое сочетание позволяет прибору работать очень быстро без ущерба качеству.

Удобно еще и то, что прибор не требует специальной консервации, если на нем долго не работают.

В этом секвенаторе в одну плашку единовременно загружать и секвенирование, и фрагментный анализ, но только в разные RUN.

Прибор поддерживает стандарт 96-луночных плашек и 8-пробирочных стрипов.

У прибора есть специальные метки, позволяющие ему отслеживать статус использования реактивов, но при этом никакого ограничения по их использованию или по сроку годности нет, это только инструмент для предупреждения о необходимость смены картриджа, если есть риск, что прибор может остановиться и «запороть» эксперимент.

Картридж стабилен в течение 6 месяцев после вскрытия. Его можно хранить в холодильнике или оставлять в приборе. Хватает одного картриджа на 250 запусков, в каждом запуске задействовано 4 капилляра, так что картриджа хватает на 1000 образцов. Он легко устанавливается в прибор, и никакая калибровка – ни пространственная, ни спектральная – в большинстве случаев не требуется.

На пике популярности

Секвенатор серии 3500 – стандартный и хорошо всем известный – в версии XL на 24 капилляра и обычный на 8 капилляров – детектирует, как и SeqStudio, 6 красок единовременно. Возможна единовременная загрузка двух плашек, либо 96-, либо 384-луночных, а также работа со стрипами, что менее популярно.

С 50-сантиметровыми капиллярами и полимером POP7 при достаточно простом сиквенсе он читает 800-900 пар оснований, в среднем – 700.

Прибор имеет регистрационное удостоверение, обновленное на территории России.

«Российский ответ» в производстве секвенаторов

Сегодня можно услышать о системе «Нанофор» – генетическом анализаторе российского производства, который сейчас активно продвигается и рекламируется.

Его разработал и выпускает экспериментальный завод научного и аналитического приборостроения, который производит не только секвенаторы, но и центрифуги, и ряд других продуктов.

Он позиционируется как аналог секвенатора серии 3500 от ThermoFisher; на сайте компании приводят прямое сравнение этих приборов, но по ряду позиций данные производителя некорректны и способны ввести пользователей в заблуждение. Впрочем, на бумаге все основные параметры близки.

Один из важных параметров, озвучиваемых производителем – это каналы детекции, а именно количество детектируемых красителей. О «Нанофор» заявляют, что там 8 каналов детекции и 8 красителей, а у ThermoFisher говорят о шести.

Если при планировании приобретения секвенатора этот параметр имеет значение, к нему нужно подходить критично и внимательно, поскольку на самом деле, если говорить о каналах детекции, их в принципе нельзя ограничивать количеством 6, 7, 8, 9 и т.д.

В секвенаторах, в том числе и предлагаемых ThermoFisher, ранее использовали призму, которая позволяет разделить любую флуоресценцию на зоны, так что здесь сложно говорить о каналах. Теперь используются другие более сложные технологии, CCD камеры, так что условных каналов, вообще говоря, может быть гораздо больше – любое количество. Нет привязки к каналу: это некий математический метод, позволяющий на CCD камеру уловить и разделить любой тип флуоресценции.

Если же мы говорим о красителях, то приборы ThermoFisher позволяют детектировать (о чем есть официальное письмо от компании) до 8 флуоресцентных красителей единовременно. В спецификациях на приборы ThermoFisher указывают именно 6, потому что на данный момент существуют только 6-красочные наборы, и алгоритм расчета данных сейчас рассчитан на эти 6 красок.

Если появятся в продаже 7- или 8-красочные наборы, которые хорошо работают в таком комплексе, то приборы ThermoFisher могут их детектировать, как и «Нанофор». Но пока компания не указывает такие спецификации, потому что таких наборов на данный момент нет.

Если отойти от основных параметров, которые на бумаге идентичны, то приборы ThermoFisher на деле обладают более удобной функцией обслуживания, более грамотным устройством помпы подачи полимера в систему. Фактически пользователи избавлены от таких неприятностей, как случайное попадание пузыря в капилляры (а это вызывает полную остановку прибора и прерывает эксперимент). А вот у «Нанофора» конструкция часто дает такие побочные эффекты, есть и другие нюансы, связанные с анализом данных и устройством прибора.