Реактивы по алфавиту

Геномика


Цена в валюте производителя / в рублях
Все производители
Пока нет данных. Перейти в каталог
Цена, руб. Цена, вал. На складе Количество
Набор предназначен для секвенирования двухцепочечной ДНК. Это наиболее универсальный набор из всех, предлагаемых Oxford Nanopore Technologies. С помощью набора Ligation Sequencing Kit можно:
  • получить максимальную производительность секвенирования;
  • контролировать длину секвенируемых фрагментов.

Для данного набора предлагается множество протоколов пробоподготовки библиотек из различного исходного материала (геномная ДНК, плазмидная ДНК, ампликоны) и для различных задач (геномное секвенирование de novo, ресеквенирование, таргетное секвенирование, мультиплексное секвенирование и т.д.). Процесс пробоподготовки заключается в достройке концов ДНК, пришивке 3’-концевой dA и лигировании к ней адаптеров.

Особенности набора

время пробоподготовки

60 минут

требуемое количество ДНК

1000 нг двухцепочечной ДНК

необходимость ПЦР

нет

фрагментация ДНК

опциональная, рекомендуется при количестве исходной ДНК менее 500 нг

длина рида

зависит от длины исходных фрагментов

производительность

2 гигабазы и более за 6 часов, 8 гигабаз и более за 48 часов

совместимые протоколы

Ligation Sequencing; Premium whole genome amplification; Sequence capture *

количество библиотек

6

совместимость с проточными ячейками

FLO-MIN106D; FLO-MIN107

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор оптимизирован для высокопроизводительного секвенирования. Для максимальной производительности рекомендуется получать библиотеку из 100-200 фмоль высокомолекулярной ДНК. Также важна степень чистоты ДНК, загрязнения существенно снижают производительность. Рекомендуется использовать наноспектрофотометр для оценки степени чистоты ДНК по следующим критериям:

  • A260/A280 = 1,8;
  • А260/А230 = 2 - 2,2.

Можно секвенировать библиотеки, полученные с помощью Ligation Sequencing Kit из меньшего количества ДНК или ДНК низкого качества, но это существенно уменьшает производительность секвенирования. Частично можно улучшить библиотеку с помощью стадии ПЦР: происходит обогащение библиотеки при малом стартовом количестве ДНК, а также снижается влияние примесей за счёт разведения образца. Но, если ПЦР является неотъемлемой частью пробоподготовки, рекомендуется использовать PCR Sequencing Kit или Rapid PCR Barcoding Kit.

Аналогично, если планируется регулярно секвенировать ампликоны или кДНК, рекомендуется использовать соответствующие наборы — PCR Sequencing Kit или, для секвенирования кДНК, cDNA-PCR Sequencing Kit и Direct cDNA Sequencing Kit.

Набор Ligation Sequencing Kit может быть использован для мультиплексного секвенирования. Для этого необходимы дополнительные наборы Native Barcoding Expansion 1-12 и 13-24 (для мультиплексирования без стадии ПЦР) или PCR Barcoding Expansion 1-12 и 1-96 (для мультиплексирования со стадией ПЦР).

Дополнительные расходные материалы и реактивы:
  • магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);
  • набор для достройки концов ДНК NEBNext End repair / dA-tailing Module (New England Biolabs E7546);
  • ДНК-лигаза NEBNext Quick Ligation Module (New England Biolabs E6056);
  • 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051);
  • 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C);
  • вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581);
  • свежеприготовленный 70% этанол.

Опционально:
  • набор для репарации ДНК NEBNext FFPE Repair Mix (New England Biolabs M6630);
  • пробирки для фрагментации ДНК Covaris g-TUBE.

Дополнительное оборудование:
  • настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
  • вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
  • магнитный штатив (Диаэм 3336);
  • ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
  • амплификатор (например, Thermo Fisher Scientific A37834);
  • набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
  • наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
  • термоконтейнер со льдом;
  • таймер (например, TR118OS).

Опционально:
  • флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227);
  • система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
  • наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C);
  • система для препаративного электрофореза BluePippin.
SQK-LSK109
57 270,=
862,= USD
Набор предназначен для прямого секвенирования РНК без стадии обратной транскрипции. С помощью набора Direct RNA Sequencing Kit можно:
  • изучать модифицированные нуклеотиды и другие характеристики нативной РНК;
  • секвенировать молекулы РНК, которые плохо подвергаются обратной транскрипции.

Особенности набора

время пробоподготовки

от 115 минут

требуемое количество ДНК

500 нг поли-А+ РНК

необходимость ПЦР

нет

обратная транскрипция

опциональная

длина рида

зависит от длины исходных фрагментов

производительность

до 1 гигабазы за 6 часов, 1-4 гигабазы за 48 часов

совместимые протоколы

Direct RNA Sequencing;
Sequence-specific direct RNA sequencing*

мультиплексирование

на стадии разработки

количество библиотек

6

совместимость с проточными ячейками

FLO-MIN106D; FLO-MIN107

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор предназначен для работы с молекулами РНК, обладающими 3’-концевыми полиА –структурами — эукариотическими мРНК, полиаденилированными вирусными РНК или РНК, обработанными наборами для полиаденилирования. Для РНК без полиА-концов можно синтезировать пользовательские адаптеры, комплементарные 3’-концам (например, для тРНК или 16S-РНК).

В отличие от протоколов секвенирования кДНК, в случае использования набора Direct RNA Sequencing Kit происходит секвенирование нативных молекул РНК; только они проходят через поры проточной ячейки.

Стадия обратной транскрипции при пробоподготовке опциональна, но настоятельно рекомендуется — это повышает производительность секвенирования.

Набор Direct RNA Sequencing Kit незаменим в случае анализа модифицированных нуклеотидов. Если задача выявления таких нуклеотидов не ставится, рекомендуются наборы для секвенирования кДНК, так как они обеспечивают более высокую производительность.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:
  • магнитные частицы Agencourt RNAClean XP (Beckman Coulter);
  • обратная транскриптаза SuperScript III (Thermo Fisher Scientific, 18080044);
  • ДНК-лигаза T4 в концентрации 2000 ед/мкл (New England Biolabs М0202);
  • лигазный буфер NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer (New England Biolabs B6058);
  • 10 мМ раствор dNTP (Thermo Fisher Scientific R0192);
  • 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051);
  • 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C);
  • вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581);
  • свежеприготовленный 70% этанол.
Дополнительное оборудование:
  • настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
  • вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
  • магнитный штатив (Диаэм 3336);
  • ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
  • амплификатор (например, Thermo Fisher Scientific A37834);
  • набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
  • наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
  • термоконтейнер со льдом;
  • таймер (например, TR118OS);
  • флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227).

Опционально:

  • система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
  • наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).

RNA
57 270,=
862,= USD
Набор предназначен для быстрого получения библиотеки из геномной ДНК с помощью простого 2-шагового протокола, пробоподготовка занимает не более 10 минут. Процесс основан на транспозазном расщеплении ДНК с последующей пришивкой сиквенсных адаптеров.

Особенности набора

время пробоподготовки

10 минут

требуемое количество ДНК

400 нг высокомолекулярной ДНК

необходимость ПЦР

нет

фрагментация ДНК

транспозазная

длина рида

случайная, зависит от длины исходных фрагментов

производительность

1-2 гигабаз за 6 часов, 4-8 гигабаз за 48 часов

совместимые протоколы

Rapid Sequencing; Rapid whole genome amplification

количество библиотек

6

совместимость с проточными ячейками

FLO-MIN106D; FLO-MIN107

Набор предназначен для исследований, требующих простой пробоподготовки и быстрого результата, но не максимальной производительности секвенирования. Так как количество стадий пипетирования и время подготовки минимальны, набор даёт возможность получения длинных ридов, но макcимальная длина зависит от качества исходной ДНК. Поэтому для лучшего результата рекомендуется использовать ДНК со средней длиной фрагментов не менее 30 гигабаз. Для выделения высокомолекулярной геномной ДНК можно использовать набор Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (Qiagen).

Рекомендуемое исходное количество ДНК — не менее 400 нг. Возможно получение библиотеки из меньшего количества ДНК, а также из фрагментированной ДНК, но производительность будет ниже. Для получения библиотеки из меньших количеств ДНК рекомендуется набор PCR Sequencing Kit и протоколы Low Input и Rapid Low Input.

Так как при получении библиотеки отсутствует стадия ПЦР, данный набор пригоден для выявления модифицированных нуклеотидов.

Дополнительные расходные материалы:

  • 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (0030108051);
  • 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (PCR-02-C);
  • вода, не содержащая нуклеаз (R0581).

Дополнительное оборудование:

  • настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
  • вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
  • амплификатор (например, Thermo Fisher Scientific A37834);
  • набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
  • наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
  • таймер (например, TR118OS).

Опционально:

  • флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227) или аналогичный.

SQK-RAD004
57 270,=
862,= USD

Ваш заказ будет обработан
в ближайшее время.
Мы пришлем уведомление, как только все будет готово. Спасибо!