Вернуться назад

Набор для быстрого мультиплексного секвенирования ДНК с баркодированием образцов методом ПЦР, Rapid PCR Barcoding Kit

Артикул Цена Наличие Количество
SQK-RPB004 936,= USD 59 633 Под заказ

Набор предназначен для быстрого и простого получения сиквенсной библиотеки, включающей до 12 различных образцов ДНК, в тех случаях, когда количество ДНК
ограничено. С помощью набора Rapid PCR Barcoding Kit можно:
  • объединять несколько образцов ДНК в одну библиотеку;
  • свести время пробоподготовки к минимуму;
  • работать с небольшим исходным количеством ДНК;
  • работать с загрязнённой ДНК.
Объединение нескольких образцов, или мультиплексирование, возможно благодаря бар-кодированию разных ДНК. Это удобно в тех случаях, когда требуемый выход данных при секвенировании одного образца намного меньше максимального выхода, получаемого с одной проточной ячейки. В состав набора входит 12 бар-кодов, таким образом, в одну библиотеку можно загрузить до 12 образцов ДНК. Это позволяет снизить стоимость секвенирования одного образца почти в 10 раз.

Особенности набора:

время пробоподготовки

от 15 минут + ПЦР

требуемое количество ДНК

1-5 нг геномной ДНК

необходимость ПЦР

Да

фрагментация ДНК

транспозазная

длина рида

около 2 килобаз

производительность

1-2 гигабазы за 6 часов, 4-8 гигабаз за 48 часов

совместимые протоколы

Rapid PCR Barcoding Sequencing*

количество библиотек

6

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор предназначен для исследований, требующих простой пробоподготовки и быстрого результата, но не максимальной производительности секвенирования.

Пробоподготовка заключается в расщеплении ДНК транспозазой и присоединении к фрагментам олигонуклеотидов, содержащих сайты связывания ПЦР-праймеров. Затем каждый образец ДНК амплифицируется с помощью баркодированных праймеров. Баркодированные ампликоны объединяются, и к ним присоединяются сиквенсные адаптеры.

Длина ампликонов в среднем составляет около 2 килобаз и не зависит от длины исходной ДНК. Это связано в большей степени с особенностями пробоподготовки, а не с процессивностью Taq-полимеразы.

Поэтому для пользователей, работающих с малым исходным количеством геномной ДНК и желающих получить риды максимальной длины, рекомендуется набор Ligation Sequencing Kit и протокол Low input genomic DNA with PCR.

Набор позволяет работать с ДНК, содержащей примеси, которые снижают эффективность получения библиотеки. Это происходит благодаря стадии ПЦР. Но необходимо учитывать, что амплификация разных фрагментов может идти с разной эффективностью.

Если исходное количество ДНК менее 1 пг, рекомендуется полногеномная амплификация.

Сортировка ридов в соответствии с баркодами производится с помощью программных инструментов, доступных в рамках платформы EPI2ME.

В состав Rapid PCR Barcoding Kit также входит набор Flow Cell Priming Kit для загрузки библиотеки в поточную ячейку.

Условия хранения: -20 °С.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:

  • магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter);
  • 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051);
  • 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Thermo FS AB0620);
  • вода, не содержащая нуклеаз (Thermo FS R0581);
  • мастер-микс для ПЦР LongAmp Taq 2X (New England Biolabs M0287);
  • свежеприготовленный 70% этанол;
  • буферный раствор Tрис-HCl 10 мМ рН 8.0 с 50 мМ NaCl.

Дополнительное оборудование:

  • настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018);
  • вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG);
  • магнитный штатив (Диаэм 3336);
  • ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L);
  • амплификатор;
  • набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
  • наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
  • таймер (например, TR118OS).
Опционально:
  • флуориметр Qubit (Thermo FS Q33227) или аналогичный;
  • система для фрагментного анализа (например, Qsep 100);
  • наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).

  • Набор для быстрого мультиплексного секвенирования ДНК с баркодированием образцов методом ПЦР, Rapid PCR Barcoding Kit
Ваш заказ будет обработан
в ближайшее время.
Мы пришлем уведомление, как только все будет готово. Спасибо!