Protocol Builder — сервис для онлайн-планирования нанопорового секвенирования

Компания Oxford Nanopore Technologies запустила новый сервис под названием Protocol Builder. Это онлайн-сервис, доступный всем пользователям нанопоровых секвенаторов, зарегистрированных в Nanopore Community.

Protocol Builder позволяет исследователю полностью выстроить весь эксперимент по нанопоровому секвенированию – от выделения нуклеиновой кислоты до обработки результатов секвенирования.

Процесс онлайн-планирования эксперимента состоит из нескольких этапов:

  • выбор задачи эксперимента
  • выбор генетического материала
  • выбор методики выделения нуклеиновой кислоты
  • выбор методики подготовки библиотеки
  • выбор методики анализа данных
pb.png

На каждом этапе возможен выбор уточняющих параметров эксперимента. Например, если поставлена задача по сборке генома – возможны варианты сборки de novo или метагеномной сборки, если предполагается SNP-анализ – то есть возможность выбора таргетного, экзомного или полногеномного секвенирования и т.д.

Затем пользователь выбирает модель секвенатора (MinION, GridION, PromethION), протокол подготовки библиотеки и тип биологического образца (бактерии, животные или растительные ткани, кровь и т.д.) После этого будет предложен один или несколько вариантов наборов для выделения нуклеиновой кислоты. Исследователь может воспользоваться любым набором, но Oxford Nanopore Technologies рекомендует наборы от Qiagen, которые были протестированы в лаборатории ONT и признаны оптимальными в отношении производительности секвенирования.

pb2.png

На последнем этапе предлагается выбрать ПО для анализа данных – доступное в рамках платформы EPI2ME (разработка ONT) или в рамках Nanopore Community (разработка участников Community).

pb3.png

В итоге исследователь получает протоколы выделения нуклеиновой кислоты и приготовления библиотеки в виде pdf-файлов, ссылку на ПО для анализа данных и список необходимого оборудования и реактивов, производимых ONT и другими компаниями.

pb4.png

Так как Nanopore Community – это открытое сообщество, то каждый его член может принять участие в дальнейшей разработке и усовершенствовании Protocol Builder.

См. также:
Секвенаторы ДНК 3-го поколения, нанопоровые
Выделение и очистка нуклеиновых кислот

Другое лабораторное оборудование и принадлежности: автоматический титратор, амплификаторы дт, анализатор качества молока, весы Ohaus.