На главную / Новости / Системы капиллярного электрофореза Qsep. Фрагментный анализ ДНК и РНК
Системы капиллярного электрофореза Qsep. Фрагментный анализ ДНК и РНК
Автоматические системы капиллярного электрофореза Qsep, BiOptic сконструированы для быстрого фрагментного анализа нуклеиновых кислот. Все этапы электрофореза — заливка геля, нанесение образцов, разделение фрагментов, визуализация и анализ результатов — в одном приборе в одну стадию!
Скрининг ПЦР-продуктов;
генотипирование;
количественный и качественный анализ библиотек для NGS и нанопорового секвенирования;
анализ фрагментированности геномной ДНК;
анализ внеклеточной ДНК;
анализ олигонуклеотидов;
анализ продуктов рестриктазного расщепления;
оценка целостности РНК (RNA Quality Number).
Электрофорез происходит в картридже, внутри которого находится капилляр, заполненный гелем с флуорофором для детекции биомолекул. Процесс разделения фрагментов отражается в реальном времени. Анализ результатов производится с помощью ПО Q-Analyzer (в комплекте поставки).
Автоматическая подача образцов (от 1 до 96);
несколько типов картриджей для разных молекул (фрагментированная ДНК, геномная ДНК, РНК, белки), рассчитанных на анализ 100-300 образцов;
время анализа одного образца — от 2 до 7 минут;
разрешение — 1-4 нуклеотида (в диапазоне длин от 100 до 500 нуклеотидов);
чувствительность — от 100 пг/мкл;
объём образца — 1 или 20 мкл, из которых в капилляр вводится 1 пл;
визуализация, количественный и качественный фрагментный анализ с помощью ПО;
низкая себестоимость анализа (по сравнению с аналогичным оборудованием).
Электрофорез биомолекул в системах Qsep происходит в специальных картриджах разных типов, предназначенных для разделения ДНК, РНК и белков.
Картридж рассчитан на анализ 100-1200 образцов (100-300 форезов, зависит от типа прибора). В комплект поставки, кроме картриджа, входят все необходимые расходные материалы для электрофореза — буфер для разделения, буфер для разведения образцов, пробирки в стрипах, ванночки и пипетки для буфера, выравнивающий маркер.
Standard (S2)
High Resolution (S1)
Kilobase (S3)
Fast (F3)
High Sensitivity (N1)
RNA (R1)
Диапазон длин разделяемых фрагментов
10 - 15000 п.н.
10 - 15000 п.н.
10 - 23000 п.н.
10 - 5000 п.н.
10 - 5000 п.н.
-
Чувствительность
0,1 нг/мкл
0,1 нг/мкл
0,1 нг/мкл
0,1 нг/мкл
5 пг/мкл
5 пг/мкл
Макс. разрешение
4 - 10 п.н.
1 - 4 п.н.
10 - 50 п.н.
≥ 50 п.н.
≥ 10 п.н.
-
Область применения
Скрининг продуктов ПЦР
+
+
+
RFLP
+
+
+
SNP
+
Плазмидный анализ
+
Анализ библиотек для секвенирования
+
+
Анализ геномной ДНК
+
+
Анализ внеклеточной ДНК
+
Анализ РНК
+
Анализ и контроль CRISPR
+
+
+
Анализ результатов электрофореза:
отслеживание разделения фрагментов в режиме реального времени;
визуализация фрагментов после разделения в виде геля с окрашенными фрагментами или в виде электрофореграммы;
проведение качественного и количественного анализа фрагментов ДНК;
проведение оценки качества РНК;
получение результатов анализа в виде файлов различных форматов (pdf, Excel, текстовый формат и т.д.).
Примеры анализа результатов электрофореза с помощью Q-Analyzer
Количественный и качественный анализ фрагментов ДНК
Анализ ДНК с помощью картриджа S1 (High Resolution) — разделение ПЦР-продуктов с разрешением 2-5 п.н.
Возможна визуализация фрагментов одинаковой длины, но разного нуклеотидного состава в виде раздельных пиков.
Разделение продуктов расщепления плазмиды pBR322 рестриктазой MspI
Высокая чувствительность — идентификация коротких фрагментов в низкой концентрации (15 п.н. — 0,056 нг/мкл; 26 п.н. — 0,194 нг/мкл; 34 п.н. — 0,253 п.н.)
Высокое разрешение— разделение фрагментов с разницей по длине 4 п.н. (238 и 242 п.н.)
Высокое разрешение— разделение фрагментов одинаковой длины (147/147 п.н. и 160/160 п.н.), но разного нуклеотидного состава.
Анализ ДНК в низких концентрациях
Выявление внеклеточной ДНК с помощью картриджа N1 (High Sensitivity).
Точность измерения сопоставима с таковой на флуориметре Qubit, Thermo Fisher Scientific. Возможна детекция внеклеточной ДНК (фетальной или опухолевой) в плазме крови в концентрации 3-4 нг/мкл.
Оценка степени деградации геномной ДНК и идентификация различных форм плазмидной ДНК
Анализ целостности РНК
Критерием целостности РНК является показатель RQN (RNA Quality Number), являющийся аналогом RIN (RNA Integrity Number).
Корреляция между RQN и RIN.
Анализ качества NGS-библиотек
С помощью ПО Q-Analyzer можно оценить не только концентрацию отдельных фрагментов ДНК, но и суммарную концентрацию ДНК в определённом диапазоне длин, а также распределение длин фрагментов ДНК.
Электрофорез белков в системах Qsep
Кроме фрагментного анализа нуклеиновых кислот системы Qsep100 и Qsep400 могут использоваться для электрофореза белков. Белки в образце должны быть предварительно помечены флуоресцентным красителем Chromeo P503 (в случае Qsep100 Advanced возможно также мечение FITC) и денатурированы.
Построение белкового профиля c помощью Qsep.
С помощью Qsep100 Advanced возможно также разделение пептидов и аминокислот, меченых FITC.
На главную / / Системы капиллярного электрофореза Qsep. Фрагментный анализ ДНК и РНК
Схема проезда
